Liverpool verloor met 1-0 in Anfield nadat Kai Havertz het enige doelpunt scoorde in de 16e minuut, maar het resultaat werd overschaduwd door een controversieel incident in de eerste helft met Isak en Arsenal-verdediger Jurrien Timber.
Isak probeerde een voorzet te bereiken toen Timber zijn shirt trok binnen het strafschopgebied. De Liverpool-aanvaller bleef op zijn voeten staan en slaagde er niet in de bal te raken, terwijl scheidsrechter Andy Madley de claims wegwuifde.
VAR bekeek het incident maar adviseerde geen beoordeling op het veld, wat Liverpool woedend maakte dat er geen penalty was gegeven.
Iraola was bijzonder gefrustreerd over de suggestie dat Isak meer van de contact had moeten maken om de officials te overtuigen.
"De Isak-actie is een duidelijke penalty, ze grijpen hem, iedereen ziet het shirt en waarschijnlijk omdat hij niet valt," zei de manager van Liverpool.
Hij ging verder toen hem werd gevraagd of de aanvaller naar de grond had moeten gaan.
"Het feit dat je me deze vraag zelfs stelt, maar eerlijk gezegd, ja, als je niet valt," zei Iraola.
"Ik denk dat Alex eerlijk is, iedereen kan meteen zien dat het een duidelijke trek is. Ik kan zeggen wat ik denk over de situatie, maar we moeten zeggen wat het is, het is een penalty."
De manager van Liverpool maakte vervolgens duidelijk dat hij zijn instructies aan spelers in soortgelijke situaties zou veranderen.
"Als hij naar de grond gaat, geven ze de penalty voor mij. Ze geven de penalty, 100 procent."
Iraola wees ook op de mogelijkheid om een uitleg te ontvangen van de Professional Game Match Officials Limited, hoewel hij accepteerde dat enige latere verduidelijking het resultaat niet zou veranderen.
"Ik denk dat we nu 10 of 12 dagen moeten wachten totdat (Pro Ref) de oplossing geeft, maar het gaat niets veranderen. Het was een duidelijke penalty voor ons."
Het incident vond plaats tijdens een moeilijke middag voor Liverpool, die kansen had om gelijk te maken maar niet voorbij de verdediging van Arsenal konden komen. Wirtz raakte de lat met een vrije trap en Mac Allister kopte over, terwijl Isak ook niet slaagde in een latere kans.
De nederlaag gaf Arsenal hun eerste competitiewinst in Anfield in 14 jaar en zorgde ervoor dat ze drie punten voorsprong hadden aan de top van de tabel. Voor Iraola zou de penaltybeslissing echter waarschijnlijk een belangrijk gespreksonderwerp blijven na een wedstrijd waarin hij vond dat zijn ploeg een duidelijke kans was ontzegd om weer in de wedstrijd te komen.