Nicolas Pépé brachte den Gastgebern eine frühe Führung, bevor Luismi Cruz aus einer Aubameyang-Vorlage ausglich, und ein Eigentor von Adama Traoré stellte den Vorteil von Villarreal wieder her, bevor Zakaria Eddahchouri erneut ausglich, ebenfalls mit einer Vorlage von Aubameyang, vor dem späten Siegtreffer des Gabun-Stürmers.
Das Ergebnis lässt Íñigo Pérez' Mannschaft weiterhin sieglos aus vier Ligaspielen vor ihrer Champions-League-Reise zu Borussia Dortmund, während das aufgestiegene Deportivo ungeschlagen bleibt.
Pérez war zurückhaltend, was das Verstecken hinter Schiedsrichterentscheidungen oder individuellen Fehlern angeht, als er die Niederlage bewertete.
"Ich stimme zu. Aber über die Fehler hinaus, die im Fußball passieren können, müssen wir andere Dinge betrachten und korrigieren, denn selbst ohne diese Fehler und mit einem Sieg wäre das Gefühl ähnlich gewesen," sagte er. "Ich denke, uns fehlt etwas, wonach ich als Trainer suche und vielleicht nicht gefunden habe."
Der Villarreal-Trainer machte deutlich, dass der schlechte Start des Vereins dringende Aufmerksamkeit benötigt, bevor am Mittwoch die Champions-League-Eröffnung ansteht.
"Der Spieler ist in der Lage, innerhalb von zwei Tagen Selbstvertrauen zurückzugewinnen, da er es schon viele Male zuvor geschafft hat, dass er Erfolg hatte, dass er Chancen kreiert, dass er in Dortmund gewinnen kann," sagte er.
"Das besorgt mich nicht und ich weiß, dass sie bereit sein werden, aber dieser Saisonstart gibt uns einige Symptome, einige Alarmzeichen, die wir dringend angehen müssen, damit sie sich nicht wiederholen."
Pérez fand jedoch einen positiven Aspekt aus dem Nachmittag in der Leistung eines Neuzugangs.
"Einer der positiven Aspekte war das Auftreten von Nathan. Ich denke, er hatte ein sehr wichtiges Spiel. Mit wenig Zeit auf dem Platz hat er Energie und Qualität gezeigt, und ich denke, das ist etwas, woran wir festhalten können," sagte er und bezog sich auf den Sommerneuzugang Nathan Saliba.
Antonio Hidalgo hingegen war begeistert, dass seine neu aufgestiegene Deportivo-Mannschaft einen prestigeträchtigen Sieg errang.
"Das ist ein sehr langer Weg, es bleibt weniger für das Überleben, aber es werden noch viele Punkte benötigt, um das Ziel des Vereins, den Klassenerhalt, zu erreichen," sagte der Deportivo-Trainer. "Wir haben einen brutalen Sieg gegen ein großartiges Team errungen."
Hidalgo lobte den Mut seiner Spieler, nachdem sie zweimal zurücklagen.
"Am Ende verlangen die Gegner in der ersten Liga viel von dir, du musst mutig sein, und wir haben Mut und Durchschlagskraft, und das ist eine große Tugend," sagte er, bevor er sich an seinen Star-Stürmer wandte.
"Man muss sehen, wie er trainiert und das Lächeln, das er allen verbreitet. Ich habe das Glück, hungrige, qualitativ hochwertige Spieler zu haben -- wir müssen weiter hart arbeiten und gegen Getafe um drei Punkte kämpfen."