Fernández' Abwesenheit beim Sieg am Donnerstag über Luton Town kam überraschend, da Alonso am Tag zuvor gesagt hatte, dass er den Argentinier einsetzen wollte.
Der Cheftrainer erklärte seine Gründe, ohne direkt auf die Spekulationen einzugehen, die Fernández mit einem £120-Millionen-Wechsel zu Manchester City in Verbindung brachten.
"Wir brauchen die Spieler, die sich in der besten Situation befinden, um zu spielen. Wir müssen alles berücksichtigen -- Spieler, die in einem guten Moment sind, Spieler, die nicht die Energie zum Spielen spüren. Für mich ist es sehr wichtig, dass sie diesen Wunsch zu spielen und eine gute Vorbereitung haben," sagte Alonso.
Alonso enthüllte, dass er direkt mit Fernández gesprochen hatte, bevor er die Entscheidung traf.
"Wir haben gesprochen und entschieden, dass es besser ist, nicht Teil des Kaders zu sein. Er ist ein Top-Spieler," sagte er.
Chelsea-Quellen hielten am Donnerstagabend fest, dass trotz der wachsenden Spekulationen kein formeller Ansatz von City eingegangen sei, selbst als Fernández' Auslassung Gerüchte nährte, dass bereits Gespräche zwischen den Clubs im Gange seien.
Auf die Frage, ob Chelsea einen Ersatz finden müsse, falls Fernández geht, wollte sich Alonso nicht auf Hypothetisches einlassen, da noch Tage bis zur Frist verbleiben.
"Entschuldigung, aber ich bin nicht derjenige, der zu früh spricht. Wir werden sehen, was passiert. Wir wollen immer bereit sein," sagte er. "Wir sind dem Plan, den wir hatten, ziemlich nahe. Wir werden sehen, wo wir enden, ob er vollständig umgesetzt wird oder ob es noch Dinge zu erledigen gibt oder Dinge, die wir nicht tun konnten.
"Aber insgesamt wird die Bilanz dessen, was wir haben, gut sein. Wir müssen sehen, wie sich die letzten Tage entwickeln. Das Team kommt zusammen."