Villarreal maakte zeven wijzigingen ten opzichte van hun vorige optreden en stelde zich ambitieus op voor hun terugkeer naar de Champions League, maar werd ten val gebracht door een eigen doelpunt van Renato Veiga, een betwiste penalty omgezet door Serhou Guirassy en een tweede eigen doelpunt van Guirassy in de blessuretijd dat uiteindelijk beslissend bleek, ondanks de gelijkmaker van Santiago Mouriño en een strijdlustige finish in Signal Iduna Park.
"Ik denk dat het een zeer goede prestatie van het team was, maar je verlaat het veld teleurgesteld over het resultaat," zei Pérez.
"Ondanks de goede gevoelens moeten we onze kalmte verbeteren met alles wat we creëren, en beter verdedigen, want vandaag scoren ze weer drie doelpunten tegen ons."
De hoofdcoach vond dat de omvang van de uitdaging de vertoning des te meer kredietwaardig maakte.
"De moeilijkheid was zeer hoog gezien waar we vandaan komen, het team dat we tegenover ons hadden en de sfeer. Ik zou kunnen zeggen dat ik trots ben op hoe we het hebben aangepakt, maar we moeten verbeteren."
Pérez wees op fijne marges in plaats van een gebrek aan inzet of geloof als het verschil tussen de ploegen.
"Het is frustrerend omdat het team het idee met overtuiging uitvoert en niet krijgt wat het verdient. Maar ik ben ervan overtuigd dat dit het juiste pad is en dat we door moeten gaan, omdat het de juiste is," zei hij.
Villarreal blijft zonder overwinning onder hun nieuwe hoofdcoach sinds de terugkeer naar de competitie, maar Pérez' vasthoudendheid aan de koers suggereert geen onmiddellijke verandering in aanpak ondanks achtereenvolgende wedstrijden waarin drie doelpunten werden geïncasseerd.
Toen hem werd gevraagd over de betwiste penalty die aan Borussia Dortmund werd toegekend na een botsing tussen Guirassy en Mouriño in de zestien, weigerde Pérez commentaar te geven en hield hij zich aan zijn gebruikelijke beleid om geen scheidsrechterlijke beslissingen te bespreken.
Het resultaat betekent dat Villarreal's terugkeer naar de Champions League na een periode weg van de competitie is begonnen zonder punten, een frustrerend resultaat gezien de kansen die werden gecreëerd tegen een Dortmund-ploeg die vrijuit heeft gescoord in zijn openingswedstrijden.
Pérez' aanpak dit seizoen is gericht op een agressieve, aanvallende stijl ongeacht de tegenstander, en de prestatie van dinsdag bood bewijs dat het onderliggende proces solide is, ook al zijn de resultaten nog niet gevolgd, met dezelfde defensieve kwetsbaarheid die Villarreal tegen Dortmund ten val bracht, die hen ook punten heeft gekost in de competitie in de afgelopen weken.
De hoofdcoach hoopt dat de volgende continentale uitwedstrijd van zijn ploeg de verbeterde scherpte en defensieve discipline brengt die hij als ontbrekend identificeerde in Signal Iduna Park.