Michal Sadilek gaf de Tsjechen een vroege voorsprong in de zesde minuut, door slim te scoren na de voorzet van Adam Hložek van rechts die door Alexandr Sojka werd aangeraakt.
Het was het vroegste doelpunt dat op dit Wereldkampioenschap werd gescoord en gaf Tsjechië een basis waar ze het grootste deel van het eerste uur de controle over leken te hebben.
Patrik Schick, hun meest gevaarlijke aanvaller, verspeelde de beste kansen om de voorsprong te vergroten, door vlak voor de pauze van dichtbij over te koppen en een andere kopkans vroeg in de tweede helft niet te benutten.
Zuid-Afrika, dat hun openingswedstrijd tegen Mexico verloor, had weinig in de aanval geboden en leek op weg naar een tweede nederlaag toen de arm van Pavel Sulc de doelgerichte schot van Thapelo Maseko binnen het strafschopgebied in de 81e minuut afleidde. VAR bevestigde de handsbal, en Mokoena nam de verantwoordelijkheid om de doelman de verkeerde kant op te sturen.
Hoofdcoach Hugo Broos was trots op het karakter dat zijn team toonde, maar eerlijk over wat er voor hen lag.
"Ik ben erg trots op mijn team. Dit is Bafana Bafana -- we houden van goed voetbal, we zijn agressief, we creëren kansen. Ja, we hebben fouten gemaakt, maar ik ben erg trots op de prestatie vandaag," zei Broos.
"Het Tsjechië-team is krachtig en erg lang. We deden het heel goed. Het is een beetje jammer dat het maar 1-1 is, maar we moeten gewoon de wedstrijd tegen de Republiek Korea winnen, wat ook heel moeilijk zal zijn.
"Als we met dezelfde mentaliteit spelen, is het mogelijk."
Beide teams hebben nu één punt uit twee wedstrijden, wat hen in een moeilijke positie brengt voor de laatste ronde. Zuid-Afrika staat volgende tegenover Zuid-Korea, terwijl Tsjechië Mexico speelt -- beide formidabele tegenstanders met iets om voor te spelen.
Tsjechië zal vooral de verspilling van Schick betreuren. Had hij een van zijn kopkansen benut, dan zou het groepsbeeld er heel anders uitzien. In plaats daarvan moeten ze hun laatste wedstrijd winnen om enige realistische hoop te hebben om de laatste 32 te bereiken.
De wedstrijd was ook opmerkelijk omdat deze volledig werd geleid door een vrouwelijke crew, onder leiding van scheidsrechter Tori Penso.