Drie doelpunten binnen de eerste 11 minuten bepaalden de wedstrijd in het Bernabéu, en Funes was eerlijk in zijn beoordeling van de schade.
"Ze drukten ons en ze waren beter in dat gedeelte van de eerste helft. Ze zijn in staat om het verschil te maken en ze hebben ons hard gestraft," zei hij, hoewel hij vond dat zijn ploeg goed reageerde na de pauze, hun press reorganiserend en hoger op het veld spelend.
"Of je bent op je best tegen een team als dat, of de straf is zwaar."
Funes was voorzichtig om het resultaat in het Bernabéu, na een eerdere trip naar het Metropolitano, niet te laten afleiden van de bredere blik van zijn ploeg.
"Ik heb al gewaarschuwd dat dit een marathon zou worden, geen sprint," zei hij, en vroeg om emotionele stabiliteit en drong er bij zijn selectie op aan zich te concentreren op het bezoek van Levante.
"We moeten deze deur sluiten en de deur naar Levante met enthousiasme openen."
Toch gaf hij toe dat hij geen troost putte uit de score gezien hoeveel de reizende supporters hadden gehoopt.
"Je verlaat niet gelukkig met een nederlaag, zelfs wetende hoe moeilijk het was," zei hij, wijzend op een gebrek aan durf met de bal als de belangrijkste tactische conclusie. "Toen we de bal hadden, ontbrak de boldness die we op andere momenten hebben getoond," zei hij, en vroeg zijn ploeg om agressiever te zijn in de laatste derde en te voorkomen dat ze "angstig" of "een vlak team" werden.
Mourinho, daarentegen, liet zich tevredenheid aanmeten bij een derde opeenvolgende overwinning, terwijl hij duidelijk maakte dat hij de start van de club ziet als het begin van een langer proces in plaats van een afgewerkt product.
"De tweede helft ging meer over wedstrijdmanagement, een langzamer ritme - Málaga had meer comfort met de bal, maar elke keer dat we versnelden, was het gevoel altijd dat er nog een doelpunt of twee in zat," zei hij. "Een clean sheet behouden was een doel - je kunt niet altijd met agressie aanvallen, soms komt de tegenstander naar voren en moet je goed verdedigen. Drie belangrijke punten."
De Portugees legde zijn aanpak van squadrotatie uit, met wijzigingen gepland voor het bezoek van Real Sociedad op woensdag, en prees de bijdrage van Eduardo Camavinga, "een jongen die niet genoeg geliefd is" maar die een uitstekende prestatie leverde.
Over zomeraanwinst Yan Diomandé, die nog zijn draai moet vinden na een dure transfer, drong Mourinho aan op geduld: "Normaal gesproken, wanneer een speler zoveel geld kost, verwacht je dat hij arriveert en onmiddellijk explodeert. Maar hij is te jong, en we moeten kalm zijn. Hij doet het heel goed, maar stap voor stap."
Gevraagd naar de ontwikkeling van Dean Huijsen, wees hij op defensieve soliditeit boven technische flair als prioriteit, en prees hij de groeiende overtuiging van zijn centrale verdediger, terwijl hij waarschuwde dat tegenspoed uiteindelijk de groep zou testen.
"Er zal een slecht moment komen. Een belangrijke speler zal geblesseerd raken, kritiek zal komen, nederlaag zal komen. Dat is wanneer we op alle kracht van het team dat we aan het bouwen zijn moeten terugvallen."