De Liverpool-middenvelder, 33, liep in februari tijdens een Premier League-wedstrijd tegen Sunderland een enkelblessure op die een operatie vereiste. Hij keerde terug op de bank voor de laatste wedstrijd van het seizoen van Liverpool tegen Brentford, maar zijn herstel was niet compleet. Hij speelde slechts een helft tegen IJsland op 31 mei voordat hij werd gewisseld vanwege ongemak.
Op dat moment had de Japanse hoofdcoach Hajime Moriyasu zijn voorzichtige optimisme geuit.
"Volgens de medische rapporten is er niets dat zegt dat hij niet kan spelen. Dus we geloven, bidden en wachten gewoon."
Endo maakte de beslissing bekend op sociale media, waarbij hij in het Japans schreef voordat hij een Engelse vertaling van zijn boodschap gaf.
"Zoals aangekondigd, zal ik me terugtrekken uit de selectie voor het Wereldkampioenschap. Sinds mijn blessure heb ik alles gedaan wat ik kon tot dit punt, dus ik heb helemaal geen spijt."
Hij sprak de emotionele lading van het moment rechtstreeks aan.
"Natuurlijk is er frustratie dat ik niet kan deelnemen aan dit Wereldkampioenschap, maar meer dan dat, ben ik trots op hoe we samen zijn gegroeid sinds het Wereldkampioenschap in Qatar -- ik als aanvoerder, die dit team leidt en ons doel van 'het winnen van het Wereldkampioenschap' tot iets maakt dat we als vanzelfsprekend kunnen zeggen."
Endo sprak zijn vertrouwen uit in de selectie die hij achterlaat.
"Het huidige team is echt een geweldig team. Ik geloof dat ze elke tegenslag zullen overwinnen en ons dingen zullen laten zien die we nog nooit eerder hebben gezien."
Hij bevestigde zijn afscheid expliciet.
"Met deze campagne zal ik me terugtrekken uit het nationale team. Dus vanaf nu zal ik de Japanse nationale ploeg aanmoedigen als een van de fans."
Zijn afsluitende boodschap droeg de toon van een aanvoerder die een zaak overdraagt in plaats van deze simpelweg te verlaten.
"Het moment waarop de Japanse nationale ploeg het Wereldkampioenschap wint, zal ongetwijfeld ooit komen. Laten we daarin geloven en hen samen aanmoedigen. En laten we de kracht van Japan als één verenigen zodat dat moment in dit toernooi komt -- iedereen, laten we samen de Wereldbeker van Noord- en Midden-Amerika aangaan!! Iedereen, geef alles wat je hebt."
Endo zal in de selectie worden vervangen door Borussia Mönchengladbach-aanvaller Shuto Machino.
Slechts twee dagen voordat hij zijn afscheid aankondigde, had Endo gesproken over de ambities van Japan in karakteristiek vastberaden termen: "We zullen ons best doen met trots en passie om iets te bereiken dat we nog nooit eerder hebben gezien in de Japanse voetbalgeschiedenis."
Die boodschap behoort nu tot de spelers die hij op het veld achterlaat. Japan staat tegenover Nederland zonder hun aanvoerder -- en voor het eerst sinds 2018, zonder Endo in hun internationale opstelling.