De 16-jarige aanvaller opende de score in de 22e minuut, door het snelst te reageren nadat Jaume Camacho's kopbal de paal raakte. De afwerking gaf de ploeg van Darren Fletcher de leiding na een competitieve openingskwartier.
Rooney voegde zijn tweede toe vanaf de strafschopstip vier minuten na de pauze, nadat hij binnen het strafschopgebied was neergehaald. Hij voltooide zijn hattrick in de 63e minuut met een kopbal uit de hoekschop van Jay McEvoy, en scoorde drie minuten later opnieuw om de stand op 4-0 te brengen.
Het officiële wedstrijdverslag van Manchester United bevestigde de reeks doelpunten, waarbij Camacho in de 82e minuut een vijfde toevoegde en invaller Noah Ajayi twee minuten later de score voltooide.
Het resultaat volgde op United's 6-3 overwinning op Liverpool op zaterdag, toen Camacho vier doelpunten maakte. De opeenvolgende overwinningen met veel doelpunten hebben de ploeg van Fletcher naar de tweede plaats in de league tabel gebracht, met zes overwinningen uit hun eerste acht wedstrijden.
Rooney, de zoon van voormalig United-aanvoerder en Engeland-aanvaller Wayne Rooney, heeft nu vijf doelpunten gescoord en Ă©Ă©n assist gegeven in drie Under-18 optredens dit seizoen. Zijn laatste optreden versterkt verder zijn positie als een van de jonge spelers van de academie om in de gaten te houden, hoewel hij zich nog in een vroeg stadium van zijn ontwikkeling bevindt.
United's eerste doelpunt tegen Burnley kwam voort uit een aanval over rechts. De voorzet van Emmanuel Ziro bereikte Camacho, wiens kopbal de lat raakte voordat Rooney de rebound met zijn linkervoet verzilverde.
Na de pauze trokken de bezoekers weg. Rooney's strafschop veranderde de momentum, en zijn twee snelle doelpunten daarna lieten Burnley niet meer herstellen. Camacho en Ajayi voegden vervolgens late doelpunten toe om de overtuigende score te voltooien.
De vorm van de academieploeg biedt een positieve noot tijdens een moeilijke periode voor het senior team, dat onder Michael Carrick moeite heeft gehad met resultaten. Rooney's vier doelpunten zullen echter beoordeeld worden in de context van voortdurende ontwikkeling in plaats van enige onmiddellijke verwachting van een promotie naar het eerste team.