Villarreal bevestigde de aanstelling op hun officiële website, waarbij Pérez -- die in januari 38 werd -- een driejarig contract tekende om Marcelino García Toral te vervangen, die ervoor koos zijn contract niet te verlengen na het leiden van de club naar de derde plaats in La Liga en kwalificatie voor de Champions League.
Pérez neemt voor de tweede keer in zijn carrière de rol van hoofdcoach op zich, nadat hij in februari 2024 begon bij Rayo Vallecano, waar hij Francisco Rodríguez halverwege het seizoen opvolgde.
Hij was eerder de assistent van Andoni Iraola bij Vallecas en was oorspronkelijk van plan om Iraola naar Bournemouth te volgen, maar een probleem met een werkvergunning verhinderde de verhuizing. Die omstandigheid liet hem in Spanje -- en uiteindelijk verantwoordelijk voor een van de opmerkelijkste verhalen in het recente Spaanse voetbal.
Hij leidde Rayo naar de achtste plaats in opeenvolgende La Liga-seizoenen, de beste achtereenvolgende eindposities in de recente geschiedenis van de club, terwijl hij ook de Madrileense ploeg naar de finale van de Conference League in Leipzig leidde -- waar ze met 1-0 verloren van Crystal Palace. Geen enkele Rayo-trainer in de 102-jarige geschiedenis van de club had het team naar een Europese finale geleid.
Villarreal's ambitie is om verder te gaan. Ze keren voor het eerst sinds het seizoen 2021-22 terug naar de Champions League, toen ze beroemd Juventus, Bayern München en opnieuw Juventus uitschakelden voordat ze in de halve finales verloren van Liverpool. Pérez krijgt de taak om de derde plaats van Marcelino te evenaren en verder uit te bouwen terwijl de club zich voorbereidt op elite Europese competitie.
Zijn aanstelling volgt het pad dat Iraola voor hem heeft bewandeld -- een Rayo-coach die naar een prominentere La Liga-functie stijgt als beloning voor werk dat consequent de verwachtingen overtrof.