Javier Pastore, sprak met Top Mercato, zei dat er "absoluut niets" is aan de berichten die Fernandez linken aan een zomertransfer naar de Bernabéu.
De saga begon tijdens de interlandbreak toen Fernandez een reeks interviews gaf waarin hij warm sprak over Madrid en zijn onzekerheid over de toekomst toegaf. Chelsea-manager Liam Rosenior reageerde door de vice-aanvoerder een schorsing van twee wedstrijden op te leggen.
Fernandez miste de FA Cup-overwinning op Port Vale en zal ook de Premier League-wedstrijd van zondag tegen Manchester City missen -- een wedstrijd die directe implicaties heeft voor Chelsea's poging om zich te kwalificeren voor de Champions League.
Pastore reageerde aanvankelijk op de straf, en noemde het "volledig oneerlijk." Hij heeft sindsdien zijn toon aanzienlijk veranderd.
"We staan op dezelfde lijn met Chelsea," zei hij. "We hebben gisteren en de dag daarvoor vrede gesloten, tussen Chelsea en de speler. Er waren nooit echt problemen. We hebben de lucht geklaard."
Hij deed ook zijn best om de oorspronkelijke opmerkingen van Fernandez te contextualiseren.
"Hij sprak gewoon over een stad. Toen waren er veel interviews in een korte periode waarin hij over zijn toekomst sprak. De media mengden de zaken door te zeggen dat hij Chelsea zou verlaten. Daar is absoluut niets van waar."
Pastore erkende dat de speler een fout maakte.
"We hebben de speler uitgelegd dat, zelfs als hij niets verkeerd deed, hij dat niet had moeten zeggen. Hij is pas 25 jaar oud. Hij is nog jong en heeft nog dingen te leren."
Fernandez heeft zich privé verontschuldigd bij de club, zijn teamgenoten, Rosenior en sportief directeur Paul Winstanley. Rosenior heeft bevestigd dat zijn vice-aanvoerderschap intact blijft.
De situatie is opgelost -- voor nu. De contractbesprekingen tussen Fernandez en Chelsea zijn eerder dit jaar stukgelopen, en Pastore heeft eerder verklaard dat als er na het WK geen overeenkomst wordt bereikt, "we andere opties zullen verkennen."
Chelsea staat zesde in de Premier League. Champions League-voetbal volgend seizoen is de onmiddellijke prioriteit. Daarna blijft de toekomst van Fernandez nog een open vraag.