Ipswich Town leidde binnen 29 minuten door Leif Davis nadat Abdul Fatawu Luke Shaw had gepasseerd, maar Manchester United kwam net voor de pauze op gelijke hoogte toen Fernandes een rommelige actie afrondde nadat Darwin NĂșñez was uitgegleden.
De aanvoerder zette vervolgens een controversieel tweede doelpunt om - de schot van Harry Maguire werd afgeketst door Jacob Greaves ondanks een handbalclaim - voordat hij een penalty en een derde doelpunt toevoegde, met Bryan Mbeumo die een vijfde doelpunt lobde. Vervanger Chuba Akpom maakte in de blessuretijd er Ă©Ă©n terug, maar dat deed nauwelijks iets met de score.
Michael Carrick was vol lof over hoe zijn team reageerde nadat ze achterkwamen.
"Het was een goede overwinning. Het was uiteindelijk een echt goede overwinning. We speelden echt goed voetbal. Het belangrijkste vandaag was de mentaliteit van de jongens om tegenslagen te overwinnen," zei hij. "We controleerden de wedstrijd over het algemeen vrij goed. De jongens namen het echt goed op en we waren fantastisch."
Over Fernandes, in dezelfde week dat hij de PFA Speler van het Jaar award ontving, voegde Carrick toe:
"Hij toonde vandaag zijn kwaliteit. Bruno deed waar hij goed in is. Hij heeft een grote week gehad met het winnen van prijzen. Drie doelpunten en een fantastische prestatie. Het is de hele mentaliteit om ermee om te gaan en elkaar te vertrouwen.
"Vorige week ging het niet voor ons en dat accepteren we. Vandaag was het veel beter."
Over de zomerse aankopen zei Carrick: "Ik denk dat we fantastisch zaken hebben gedaan en we hebben het heel goed gedaan met het geld dat we hebben uitgegeven. De sfeer is goed en ze willen voor elkaar vechten."
Ipswich-baas Gary O'Neil voelde dat de ineenstorting van zijn team hing aan een wrede periode aan beide zijden van de rust.
"Als je naar het laatste half uur kijkt, creëerde Man Utd veel kansen. De slip voor het doelpunt was ongelukkig, we hadden de controle en we verloren onze aanvaller bij de rust. Toen een enorme afketsing en handbal. Je staat 2-1 achter," zei O'Neil.
"Het derde doelpunt was slecht uit de verdediging stappen. Trots op de spelers dat ze doorgingen en aan het einde een doelpunt maakten. Het is een verlies op Old Trafford voor een pas gepromoveerde ploeg."
Over de discussie over de afgekeurde handbal voegde hij toe: "Het voelt niet als een doelpunt. Het voelt alsof het afgekeurd zou moeten worden, maar we accepteren dat het dat niet is en dat is de regel."
Fernandes blikte terug op een wervelende week die stijlvol eindigde.
"We hadden de controle over de wedstrijd en toen kregen we het doelpunt tegen, verloren daarna een beetje controle, maar kwamen weer terug in de wedstrijd, scoorden net voor de rust en in de tweede helft waren we briljant," zei hij.
"Het is een geweldige erkenning voor mezelf, maar het is samen met het team omdat ik dat allemaal niet zonder hen had kunnen doen. Er zijn bepaalde dagen dat je het voelt. Het is zo'n dag waarop alles naar je toekomt en je het moet pakken."