De 30-jarige wordt vrijdag in Saoedi-Arabië verwacht om een transfer van £51 miljoen te voltooien, terwijl Villa op het punt staat de komst van Chelsea's Nicolas Jackson voor £65 miljoen als zijn vervanger af te ronden.
Emery prees Watkins' gedrag gedurende zijn zes jaar bij Villa Park en bevestigde dat hij en de selectie de verontschuldiging van de aanvaller hadden geaccepteerd nadat hij zich onbeschikbaar had gesteld voor de Premier League-nederlaag van zondag tegen Brighton & Hove Albion.
Watkins vertrekt als Villa's record Premier League-doelpuntenmaker met 91 doelpunten, onderdeel van een totaal van 108 in alle competities sinds zijn komst van Brentford voor £28 miljoen in 2020. Hij was een centrale figuur in Villa's Europa League-overwinning in mei, en zijn vorm dit jaar leverde hem een plek op in de Engelse selectie voor het WK deze zomer.
"Hij vertelde ons na de wedstrijd tegen Brighton dat hij het jammer vond en dat hij een fout had gemaakt. Hij had ongelijk, maar we accepteerden het. De spelers ook," zei Emery.
"Zijn inzet en zijn gedrag waren fantastisch. Hij is een fantastische gast - een fantastische gast zelfs meer dan een speler. Ik zei 'dag' tegen hem met een enorme knuffel en met kleine tranen.
"Maar nu is het een nieuw hoofdstuk hier met Nicolas Jackson."
Villa heeft voorwaarden voor Jackson afgesproken en werkt eraan om de Senegalese international op tijd geregistreerd te krijgen voor het bezoek van Arsenal op maandag.
Watkins wordt de laatste ervaren figuur die deze zomer Villa Park verlaat, en Emery drong er bij de supporters op aan het strategie van de club te vertrouwen ondanks het vertrek van verschillende sleutelpersonen van de succesvolle campagne van vorig seizoen.
"We hebben beslissingen genomen omdat het goed is voor de club," zei Emery. "Natuurlijk willen we geen club zijn die spelers verkoopt, maar de verantwoordelijkheid is daar. Het is gek [geld voor iemand] 30 jaar oud en £50 miljoen voor Ezri Konsa [die 28 is].
"Hoe we ons het afgelopen jaar met sommige spelers hebben ontwikkeld en hoe we nu enkele spelers kunnen verkopen is volledig de juiste beslissing. We moeten het team zo snel mogelijk herbouwen. [Fans] moeten onze manier accepteren en waarom we enkele beslissingen nemen."
Als onderdeel van die herbouw voltooide Leon Goretzka op donderdag een gratis transfer naar Villa nadat hij aan het einde van het vorige seizoen Bayern München had verlaten. De Duitse middenvelder won zeven Bundesliga-titels en de Champions League tijdens zijn tijd in Beieren.
"Hij is een winnaar. Hij is een zeer competitieve speler - een goede speler om aan onze selectie toe te voegen," zei Emery over Goretzka. "Hij is veelzijdig en komt fit en traint goed aan. Hopelijk kan hij maandag op het veld staan."