De officiële verklaring van The Whites beschreef de vergoeding als niet openbaar, hoewel de Daily Mail meldt dat de deal £700.000 waard is, met een clausule van 20 procent bij doorverkoop inbegrepen.
Stephenson wordt de vierde zomeraankoop van Wanderers en tekent een vierjarig contract in het Toughsheet Community Stadium.
Blackburn Rovers had ook interesse getoond in de 22-jarige, maar hij reisde woensdag voor een medische keuring voordat hij de voorwaarden met Bolton overeenkwam.
Stephenson heeft ook in meer geavanceerde rollen gespeeld als wing-back en op het middenveld tijdens zijn carrière, en beëindigt een verblijf van bijna acht jaar bij Liverpool om Bolton zijn nieuwe thuis te maken.
"Ik heb de afgelopen paar jaar veel gesproken over het vinden van een permanent thuis.
"Het maakte me niet uit waar het was, maar om bij zo'n grote club als Bolton te zijn, denk ik letterlijk dat op het moment dat ik een paar maanden geleden met Fergal sprak, het de enige plek was waar ik echt wilde komen.
"Je weet wel, de grootte van de club, de faciliteiten hier, het stadion, ongelooflijk. Ik kwam naar een paar wedstrijden aan het einde van vorig jaar en keek naar de wedstrijd tegen Bradford hier in de play-offs.
"Gewoon om de sfeer in het stadion te zien, doet je denken, weet je, ik wil daar een deel van uitmaken."
De voormalige Sunderland-jongeling Stephenson kwam van zijn thuisclub naar Liverpool op Under-15-niveau en maakte carrière in de academie op Merseyside.
Hij heeft geen competitieve eerste teamoptreden voor Liverpool gemaakt, maar was aanwezig op de voorbereidingstours, leidde het Under-18-team van de club en speelde in Premier League 2 voor de Under-21.
Hij deed senior ervaring op op huurbasis in League Two bij Barrow voordat hij twee seizoenen lang bij Dundee United speelde, waarvan de tweede volgde op een nieuw contract bij Liverpool.
Stephenson hielp Dundee United om vierde te eindigen in de Scottish Premiership in 2024/25 en zich te kwalificeren voor Europees voetbal, en werd uitgeroepen tot de jonge speler van het jaar van de club.
Hij maakte nog eens 29 starts in de Schotse topcompetitie in zijn tweede huurseizoen, scoorde vijf keer en was soms aanvoerder van het team, terwijl Dundee United zevende eindigde in 2025/26.
Hij komt bij Bolton met 105 senior optredens op zijn cv.
"Het is geweldig om een Liverpool-speler te zijn en ze hebben me veel gegeven en veel geleerd, maar er is niets zoals het spelen van mannenvoetbal.
"Je kunt dat niet repliceren bij Liverpool door voor de 21-jarigen te spelen. Ik ontdekte dat ik niet de kans zou krijgen om elke week voor het eerste team te spelen, en daarom nam ik de beslissing om hierheen te komen."
Stephenson volgt verdedigers Akin Famewo en Ben Davies en aanvallende middenvelder David Watson in het aansluiten bij Bolton na de promotie van vorig seizoen.
Hij zal zich bij zijn nieuwe teamgenoten voegen wanneer ze volgende maandag terugkeren naar de voorbereidingstraining.