Gakpo ha segnalato di aver bisogno di essere sostituito al 17° minuto dopo essere apparso colpito da due forti contrasti in rapida successione.
Il 27enne era stato in ottima forma sia per il club che per la nazionale e aveva segnato nell'ultima partita dei Paesi Bassi, un pareggio 1-1 contro la Germania giovedì.
Il suo ultimo infortunio minaccia quindi di interrompere un inizio di stagione produttivo.
La situazione è particolarmente preoccupante per il Liverpool perché la partenza di Gakpo è avvenuta solo poche ore dopo che Alexander Isak è stato escluso dal resto delle partite internazionali della Svezia a causa di un problema alla coscia.
Isak è già tornato a Liverpool per ulteriori accertamenti dopo aver lasciato il ritiro della Svezia.
Il ct della Svezia Graham Potter ha descritto il problema dell'attaccante come minore, ma ha confermato che il fitto calendario internazionale significava che non sarebbe stato in grado di giocare.
"Ha un piccolo problema alla coscia," ha detto Potter.
"Non è grave, ma a causa del numero di partite che abbiamo in un breve lasso di tempo, non sarà in grado di partecipare."
Potter ha spiegato che la natura dell'infortunio di Isak è diventata più chiara solo dopo la partita.
"È stato durante la partita. Come in qualsiasi cosa, a volte si ricevono colpi e contusioni durante il gioco, potresti pensare che sia un po' di indolenzimento o qualcosa del genere," ha detto.
"Ma in realtà, dopo 24 ore, 48 ore dalla partita, non è proprio quello che pensi."
Isak salterà quindi le restanti tre partite della Svezia durante la pausa internazionale.
Il personale medico del Liverpool lo valuterà dopo il suo ritorno al club, anche se la squadra di Premier League non giocherà di nuovo fino all'11 ottobre, quando affronterà il Manchester City.
I Paesi Bassi ora devono affrontare un'attesa simile per avere chiarezza riguardo a Gakpo.
L'attaccante aveva iniziato la pausa internazionale in ottima forma, e lui e Isak avevano già combinato per quattro gol del Liverpool in questa stagione.
L'ultima apparizione internazionale di Gakpo è durata solo 17 minuti prima che richiedesse di uscire.
Il ct dei Paesi Bassi Xavi Hernandez era atteso per fornire una valutazione dopo la partita.
Per il Liverpool, il tempismo crea una preoccupazione indesiderata per le scelte.
Il club sperava di tornare dalla pausa internazionale con le proprie opzioni offensive intatte, ma Isak è già indisponibile per la Svezia e Gakpo ora deve affrontare una valutazione dopo la sua partenza anticipata a Belgrado.
La gravità dell'infortunio di Gakpo deve ancora essere stabilita.
Il Liverpool attenderà quindi ulteriori informazioni mediche prima di sapere se uno dei due attaccanti sarà disponibile quando riprenderà il calcio di club.