Fernandes è rimasto in panchina nella sconfitta casalinga per 3-0 contro il Bournemouth di domenica dopo aver messo in discussione pubblicamente l'approccio dello United durante la loro sconfitta per 4-1 in Champions League contro il Como.
La decisione ha sollevato interrogativi sulla relazione tra i due, in particolare con Carrick sotto crescente pressione dopo la deludente serie di risultati dello United.
Tuttavia, l'allenatore dello United ha ora chiarito che Fernandes rimane una parte importante dei suoi piani e continuerà a indossare la fascia di capitano.
I due si sono incontrati al centro di allenamento Carrington del Manchester United martedì, con le loro discussioni destinate a risolvere eventuali questioni in sospeso e consentire al club di concentrarsi sul miglioramento delle proprie prestazioni.
Parlando in vista dell'incontro di Premier League di sabato con il Chelsea, Carrick ha respinto le suggestioni che fosse necessaria una decisione riguardo alla capitano di Fernandes.
"Non c'è alcuna decisione da prendere su questo," ha detto.
"Ascolta, siamo chiari sulla situazione della squadra e come club di calcio, al momento.
"È un giocatore importante per questo gruppo. Lo è stato e lo sarà.
"Tra di noi, dobbiamo fare la differenza e dobbiamo spingere le cose in una buona direzione.
"È completamente impegnato in questo club di calcio, è completamente impegnato a migliorare le cose. Non ci sono assolutamente problemi su questo."
L'omissione di Fernandes contro il Bournemouth ha attirato notevole attenzione, in particolare dopo che era stato critico nei confronti dell'approccio tattico della squadra dopo la sconfitta in Italia.
Il centrocampista aveva messo in discussione la riluttanza dello United a pressare i propri avversari in modo più aggressivo, suggerendo che lo staff tecnico dovesse riconsiderare la propria strategia.
Carrick ha successivamente insistito che la sua decisione di lasciare il capitano fuori fosse basata su considerazioni calcistiche piuttosto che su azioni disciplinari.
Ha mantenuto quella posizione chiarendo che il disaccordo non influenzerà le responsabilità a lungo termine di Fernandes all'interno della squadra.
"Non cambia per me. È stata una decisione per ciò che abbiamo sentito per la partita contro il Bournemouth. Questo è tutto," ha aggiunto Carrick.
"È lui che ha guidato la squadra così bene per molte partite e molti anni, e continuerà a farlo. Non ci sono assolutamente problemi su questo."
La conferma arriva in un momento importante per lo United, con Carrick che deve ripristinare la fiducia e trovare un modo per migliorare i risultati.
La loro sconfitta contro il Bournemouth ha esteso una sequenza allarmante senza vittorie, aumentando il controllo sull'allenatore e sulla decisione del club di mantenerlo in carica.
Lo United ora viaggerà a Stamford Bridge sapendo che un'altra prestazione deludente intensificherebbe la pressione.
Il ritorno di Fernandes nell'undici titolare rimane una decisione di selezione separata, sebbene il suo continuo coinvolgimento sarà significativo mentre Carrick cerca di portare maggiore stabilità alla squadra.
I commenti del manager rimuovono comunque una fonte di incertezza, con l'internazionale portoghese che mantiene la capitano e il sostegno del suo allenatore.
Per Carrick, la priorità immediata è garantire che le discussioni si traducano in prestazioni migliorate, piuttosto che permettere che il disaccordo diventi un'altra distrazione durante una campagna sempre più difficile.