Nicolas Pépé dio a los locales una ventaja temprana antes de que Luismi Cruz igualara con una asistencia de Aubameyang, y un autogol de Adama Traoré restauró la ventaja del Villarreal antes de que Zakaria Eddahchouri igualara de nuevo, también asistido por Aubameyang, antes del propio gol decisivo del delantero gabonés.
El resultado deja al equipo de Íñigo Pérez aún sin ganar en cuatro partidos de liga antes de su viaje a la Liga de Campeones contra el Borussia Dortmund, mientras que el Deportivo, ascendido, permanece invicto.
Pérez fue reacio a esconderse detrás del arbitraje o errores individuales al evaluar la derrota.
"Estoy de acuerdo. Pero más allá de los errores que pueden ocurrir en el fútbol, tenemos que mirar y corregir otras cosas, porque incluso sin cometer esos errores y encontrar una victoria, la sensación habría sido similar," dijo. "Creo que nos ha faltado algo que, como entrenador, estoy buscando y tal vez no he encontrado."
El entrenador del Villarreal fue claro en que el mal comienzo del club necesita atención urgente antes del partido inaugural de la Liga de Campeones del miércoles.
"El jugador es capaz de recuperar la confianza en dos días, sabiendo que lo han hecho muchas veces antes, que han tenido éxito, que crean oportunidades, que pueden ganar en Dortmund," dijo.
"Eso no me preocupa y sé que estarán listos, pero este comienzo de temporada nos da algunos síntomas, algunas alarmas, que necesitamos abordar urgentemente para que no se repitan."
Pérez encontró un aspecto positivo para llevarse de la tarde en el rendimiento de una nueva incorporación.
"Uno de los aspectos positivos ha sido la aparición de Nathan. Creo que tuvo un partido muy importante. Con poco tiempo en el campo ha mostrado energía, ha mostrado calidad, y creo que eso es algo a lo que aferrarse," dijo, refiriéndose a la incorporación de verano Nathan Saliba.
Antonio Hidalgo, mientras tanto, estaba encantado de ver a su recién ascendido Deportivo reclamar una victoria prestigiosa.
"Este es un camino muy largo, queda menos para la supervivencia, pero aún se necesitan muchos puntos para el objetivo del club, que es mantenerse," dijo el entrenador del Deportivo. "Hemos conseguido una victoria brutal contra un gran equipo."
Hidalgo elogió el coraje de sus jugadores después de caer detrás en dos ocasiones.
"Al final, los rivales en la máxima categoría exigen mucho de ti, tienes que ser valiente, y tenemos valentía y un filo cortante, y eso es una gran virtud," dijo, antes de dirigirse a su delantero estrella.
"Tienes que ver cómo entrena y la sonrisa que irradia a todos. Tengo la suerte de tener jugadores hambrientos y de alta calidad -- tenemos que seguir trabajando duro y luchar por tres puntos contra el Getafe a continuación."