Balogun wurde in der 64. Minute des 32er-Sieges der USA über Bosnien und Herzegowina am Mittwoch des Feldes verwiesen, nachdem er seine Mannschaft bereits in Führung gebracht hatte.
Der Stürmer wurde vom Schiedsrichter, nach einer VAR-Überprüfung, dafür bestraft, dass er auf den Fuß des Verteidigers Tarik Muharemovic getreten war. Wiederholungen zeigten, dass Baloguns ausgestreckter Fuß auf dem drehenden Knöchel seines Gegners landete, während die beiden um den Ball kämpften.
Balogun schien sich bei der Kollision auch eine Verletzung zuzuziehen, aber der Schiedsrichter entschied sich, ihn nach Rücksprache mit dem Monitor am Spielfeldrand des Feldes zu verweisen. Pochettino war danach überzeugt, dass die Aktion keine böswillige Absicht hatte.
"Für mich ist das niemals eine rote Karte," sagte Pochettino. "Es war niemals (seine) Absicht, auf den Spieler zu treten.
"Es war eine normale Aktion im Fußball, dass man um den Ball kämpft und die Füße landen, oder? Ja, vielleicht war die Szene ein bisschen hart anzusehen. Aber ich denke, es war niemals absichtlich."
Christian Pulisic unterstützte die Einschätzung seines Trainers zu dem Vorfall und bestand darauf, dass sein Teamkollege nichts getan hatte, um eine so schwere Sanktion zu rechtfertigen.
Der USA-Stürmer sagte, Balogun "hat die rote Karte nicht verdient" und beschrieb die Entscheidung als "unglücklich."
Laut FIFA-Vorschriften löst der Platzverweis eine automatische Sperre für das nächste Spiel der USA aus, die nicht angefochten werden kann, bestätigte ein FIFA-Sprecher gegenüber Reportern.
Pochettino deutete an, dass er weiterhin hoffte, die Sperre könnte aufgehoben werden.
Er sagte, es "sollte fair sein", die Entscheidung anzufechten, gab jedoch zu, dass er "verschiedene Optionen" abwägen müsste, wenn dieser Weg erfolglos wäre.
Ricardo Pepi, der für PSV Eindhoven spielt, sprang ein, als Balogun für das letzte Gruppenspiel gegen die Türkei geschont wurde.
Balogun wurde in New York geboren, wuchs aber in England auf, bevor er sich qualifizierte, um die USA zu vertreten, und ist zu einer Schlüsselperson in Pochettinos Angriffsreihe bei dieser Weltmeisterschaft geworden.
Der 24-Jährige hat im Turnier dreimal getroffen, darunter ein Doppelpack im Eröffnungssieg gegen Paraguay, was ihn nur zwei Tore von Landon Donovans Allzeit-Weltmeisterschaftsrekord von fünf Toren für die USA entfernt lässt.
Pochettino gab zu, dass die rote Karte Balogun mit gemischten Gefühlen in das Duell gegen Belgien gehen ließ.
"Er ist sehr enttäuscht, weil ich denke, dass es eine unabsichtliche Aktion war. Aber er ist auch glücklich, weil wir uns qualifiziert haben," sagte Pochettino. "Wir können nichts tun, um dieses Gefühl zu ändern. Das ist vorbei. Das ist Fußball. Er muss verstehen, dass solche Situationen passieren."
Pochettino schloss mit einem optimistischen Ausblick auf die Aussichten seiner Mannschaft ohne ihren in Form befindlichen Stürmer.
"Er wird uns auf jeden Fall helfen, unser Bestes zu geben. Ich hoffe, dass wir in die nächste Runde kommen und (er wieder) verfügbar sein wird."