Karl, 18, brachte die deutschen Meister kurz vor der Halbzeit in Führung und feierte, indem er seinen Finger an die Lippen legte in einer "Schsch"-Geste gegenüber den Heimfans, die es als Provokation auffassten und den Flügelspieler für den Rest des Spiels auspfiffen.
Harry Kane sicherte Bayern den 2:1-Sieg, aber Karl fühlte sich danach verpflichtet, seine Feier zu erklären.
"Es sind die Emotionen, die überhandnehmen. Es tut mir leid, wenn die Fans mich missverstanden haben, das war nicht die Absicht," sagte Karl.
"Die meisten Fußballfans wissen, dass es um Emotionen geht und dass es einfach Teil des Spiels ist. Es tut mir leid dafür."
Elversberg, frisch in die Bundesliga aufgestiegen, hatte gehofft, einen großen Aufschrei gegen die Gäste zu verursachen, und obwohl der Schock nicht eintrat, zeigte die Heimmannschaft eine beeindruckende Leistung und kam nahe daran, einen Punkt gegen die Meister vor ihren eigenen Fans zu holen.
Mittelfeldspieler Maximilian Rohr war trotz der Niederlage mit der Leistung seiner Mannschaft zufrieden.
"Wir haben vielleicht verloren, aber ich bin so glücklich, gegen so ein Team gespielt zu haben," sagte Rohr der offiziellen Website von Bayern München. "Ich denke, wir haben gut gespielt, und wir können stolz auf unsere Leistung sein."
Elversberg hat einen soliden Start ins Leben in der Bundesliga hingelegt und steht nach ihrem Aufstieg bei sechs Punkten aus drei Spielen, und als nächstes reisen sie, um in ihrem kommenden Ligaspiel gegen Schalke 04 anzutreten, während sie darauf abzielen, auf einem ermutigenden Start aufzubauen.