Der 30-Jährige wird am Freitag in Saudi-Arabien erwartet, um einen Transfer über 51 Millionen Pfund abzuschließen, während Villa kurz davor steht, die Verpflichtung von Chelseas Nicolas Jackson für 65 Millionen Pfund als seinen Ersatz abzuschließen.
Emery lobte Watkins' Verhalten während seiner sechs Jahre im Villa Park und bestätigte, dass er und die Mannschaft die Entschuldigung des Stürmers akzeptiert hatten, nachdem er sich für die Premier-League-Niederlage am Sonntag gegen Brighton & Hove Albion nicht zur Verfügung gestellt hatte.
Watkins verlässt Villa als Rekordtorschütze der Premier League mit 91 Toren, Teil einer Gesamtzahl von 108 in allen Wettbewerben, seit er 2020 für 28 Millionen Pfund von Brentford kam. Er war eine zentrale Figur beim Europa-League-Sieg von Villa im Mai, und seine Form in diesem Jahr sicherte ihm einen Platz im Kader Englands für die Weltmeisterschaft in diesem Sommer.
"Er hat uns nach dem Brighton-Spiel gesagt, dass es ihm leid tut und dass er einen Fehler gemacht hat. Er hatte Unrecht, aber wir haben es akzeptiert. Die Spieler auch," sagte Emery.
"Sein Engagement und sein Verhalten waren fantastisch. Er ist ein fantastischer Typ - ein fantastischer Typ, noch mehr als ein Spieler. Ich habe ihm mit einer riesigen Umarmung und mit kleinen Tränen 'Tschüss' gesagt.
"Aber jetzt ist es ein neues Kapitel hier mit Nicolas Jackson."
Villa hat sich auf die Bedingungen für Jackson geeinigt und arbeitet daran, den senegalesischen Nationalspieler rechtzeitig für den Besuch von Arsenal am Montag registriert zu haben.
Watkins wird in diesem Sommer die neueste erfahrene Figur sein, die den Villa Park verlässt, und Emery forderte die Anhänger auf, der Strategie des Vereins zu vertrauen, trotz des Abgangs mehrerer Schlüsselpersonen aus der erfolgreichen Saison des letzten Jahres.
"Wir haben Entscheidungen getroffen, weil es gut für den Verein ist," sagte Emery. "Natürlich wollen wir kein Verein sein, der Spieler verkauft, aber die Verantwortung ist da. Es ist verrückt [Geld für jemanden], der 30 Jahre alt ist und 50 Millionen Pfund für Ezri Konsa [der 28 ist].
"Wie wir uns im letzten Jahr mit einigen Spielern entwickelt haben und wie wir jetzt einige Spieler verkaufen können, ist völlig die richtige Entscheidung. Wir müssen das Team so schnell wie möglich neu aufbauen. [Die Fans] müssen unseren Weg akzeptieren und warum wir einige Entscheidungen treffen."
Im Rahmen dieses Wiederaufbaus hat Leon Goretzka am Donnerstag einen kostenlosen Transfer zu Villa abgeschlossen, nachdem er Bayern München am Ende der letzten Saison verlassen hatte. Der deutsche Mittelfeldspieler gewann sieben Bundesliga-Titel und die Champions League während seiner Zeit in Bayern.
"Er ist ein Gewinner. Er ist ein sehr wettbewerbsfähiger Spieler - ein guter Spieler, um unser Team zu verstärken," sagte Emery über Goretzka. "Er ist vielseitig und kommt fit und gut trainiert an. Hoffentlich kann er am Montag auf dem Feld sein."