Fernandes wurde für die 3:0-Niederlage zu Hause gegen Bournemouth am Sonntag auf die Bank gesetzt, nachdem er öffentlich Uniteds Ansatz während ihrer 4:1-Niederlage in der Champions League gegen Como in Frage gestellt hatte.
Die Entscheidung warf Fragen über die Beziehung zwischen dem Paar auf, insbesondere da Carrick nach Uniteds enttäuschender Ergebniskurve unter zunehmendem Druck steht.
Der United-Cheftrainer hat jedoch nun klargestellt, dass Fernandes ein wichtiger Teil seiner Pläne bleibt und weiterhin die Kapitänsbinde tragen wird.
Das Paar traf sich am Dienstag im Trainingszentrum von Manchester United in Carrington, wobei ihre Diskussionen darauf abzielten, etwaige offene Fragen zu klären und dem Verein zu ermöglichen, sich auf die Verbesserung seiner Leistungen zu konzentrieren.
Vor dem Premier-League-Spiel am Samstag gegen Chelsea wies Carrick die Vorschläge zurück, dass eine Entscheidung über Fernandes' Kapitänschaft getroffen werden müsse.
"Es gibt keine Entscheidung zu treffen," sagte er.
"Hören Sie, wir sind uns über die Situation der Mannschaft und als Fußballverein im Moment klar."
"Er ist ein wichtiger Spieler für diese Gruppe. Er war es und er wird es sein."
"Zwischen uns müssen wir einen Unterschied machen und die Dinge in eine gute Richtung lenken."
"Er ist voll und ganz diesem Fußballverein verpflichtet, er ist voll und ganz entschlossen, die Dinge besser zu machen. Es gibt absolut keine Probleme damit."
Fernandes' Auslassung gegen Bournemouth erregte beträchtliche Aufmerksamkeit, insbesondere nachdem er die taktische Herangehensweise der Mannschaft nach der Niederlage in Italien kritisiert hatte.
Der Mittelfeldspieler hatte Uniteds Zögern in Frage gestellt, die Gegner aggressiver zu pressen, und angedeutet, dass das Trainerteam seine Strategie überdenken müsse.
Carrick bestand anschließend darauf, dass seine Entscheidung, den Kapitän außen vor zu lassen, auf fußballerischen Überlegungen und nicht auf disziplinarischen Maßnahmen basierte.
Er hat diese Position beibehalten und klargestellt, dass die Meinungsverschiedenheit Fernandes' langfristige Verantwortlichkeiten innerhalb des Kaders nicht beeinträchtigen wird.
"Für mich ändert sich nichts. Es war eine Entscheidung, die wir für das Spiel gegen Bournemouth getroffen haben. Das ist alles," fügte Carrick hinzu.
"Er ist derjenige, der die Mannschaft so gut über viele Spiele und viele Jahre geführt hat, und er wird das weiterhin tun. Es gibt absolut keine Probleme damit."
Die Bestätigung kommt zu einem wichtigen Zeitpunkt für United, da Carrick das Vertrauen wiederherstellen und einen Weg finden muss, die Ergebnisse zu verbessern.
Ihre Niederlage gegen Bournemouth verlängerte eine alarmierende Serie ohne Sieg, was die Aufmerksamkeit auf den Cheftrainer und die Entscheidung des Vereins, ihn im Amt zu halten, verstärkte.
United wird nun nach Stamford Bridge reisen, in dem Wissen, dass eine weitere enttäuschende Leistung den Druck verstärken würde.
Fernandes' Rückkehr in die Startelf bleibt eine separate Auswahlentscheidung, obwohl sein fortgesetztes Engagement bedeutend sein wird, während Carrick versucht, mehr Stabilität in die Mannschaft zu bringen.
Die Kommentare des Trainers beseitigen jedoch eine Quelle der Unsicherheit, da der portugiesische Nationalspieler die Kapitänschaft und die Unterstützung seines Cheftrainers behält.
Für Carrick besteht die unmittelbare Priorität darin, sicherzustellen, dass die Diskussionen in verbesserte Leistungen umgesetzt werden, anstatt zuzulassen, dass die Meinungsverschiedenheit zu einer weiteren Ablenkung in einer zunehmend schwierigen Saison wird.