O aviso vem depois que a Premier League considerou o City culpado de todas, exceto uma, das 115 acusações feitas contra o clube por supostas violações financeiras.
O Telegraph relata que oficiais emiratenses alertaram o Governo que bilhões de libras de potenciais investimentos futuros poderiam agora ser retirados por causa da decisão.
Entre os projetos potencialmente afetados está o proposto corredor tecnológico Oxford-Cambridge, que os ministros têm buscado investimento privado para desenvolver como um importante hub de tecnologia e ciências da vida no Reino Unido.
O Governo comprometeu £500 milhões para o projeto, mas está buscando cerca de £10 bilhões em investimento privado, com Abu Dhabi sendo considerado uma fonte potencial importante.
A disputa também levantou questões sobre o relacionamento entre o presidente do Manchester City, Khaldoon Al Mubarak, e ministros seniores do Reino Unido.
Al Mubarak se encontrou com o Secretário de Negócios, Jonathan Reynolds, em Downing Street duas semanas antes de a Premier League anunciar seu veredicto contra o City. O Departamento de Negócios e Comércio disse que a reunião se concentrou em comércio, defesa e segurança, em vez do clube de futebol.
Na época, Al Mubarak já sabia que o City havia sido considerado culpado, embora os detalhes da decisão ainda não tivessem sido tornados públicos.
As preocupações dos Emirados Árabes Unidos se estenderam além dos projetos de investimento específicos. A Bloomberg relatou que oficiais acreditavam que as ações da Premier League poderiam influenciar o relacionamento mais amplo entre os Emirados Árabes Unidos e o Reino Unido.
A situação também colocou Andy Burnham sob escrutínio depois que o ex-prefeito de Greater Manchester disse que estaria "realmente preocupado" se os proprietários do City decidissem vender o clube.
"Eles têm sido um parceiro tão grande na construção do Manchester moderno," disse Burnham. "Obviamente, a construção do Manchester City na força global que é."
Downing Street subsequentemente enfatizou que ninguém poderia ser considerado acima das regras após os comentários de Burnham.
"O julgamento inicial [contra o City] é sério e não pode haver qualquer sugestão de que alguém está acima das regras," disse Downing Street.
O Manchester City rejeitou as conclusões da Premier League e disse que apelará do veredicto.
A Premier League considerou o clube culpado de organizar o que descreveu como "contratos fictícios" e de inflar artificialmente seus resultados financeiros em mais de £900 milhões para contornar as regras de gastos, de acordo com o relatório fornecido.
O caso, portanto, pode ter consequências que se estendem além do futebol, com o veredicto agora sendo ligado aos esforços do Reino Unido para garantir investimentos significativos dos Emirados Árabes Unidos.
Para o Governo, o desafio imediato é manter o relacionamento com Abu Dhabi enquanto permite que o processo disciplinar das autoridades do futebol continue de forma independente.