Michal Sadilek deu aos checos uma liderança precoce no sexto minuto, convertendo de forma inteligente após o cruzamento de Adam Hložek pela direita ter sido desviado por Alexandr Sojka.
Foi o gol mais cedo marcado nesta Copa do Mundo e deu à Chequia uma plataforma que parecia estar sob controle na maior parte da primeira hora.
Patrik Schick, seu atacante mais perigoso, desperdiçou as melhores chances para ampliar a vantagem, cabeceando por cima de perto antes do intervalo e falhando em converter outra oportunidade de cabeçada no início do segundo tempo.
A África do Sul, que perdeu sua estreia para o México, ofereceu pouco no ataque e parecia destinada a uma segunda derrota quando o braço de Pavel Sulc desviou o chute de Thapelo Maseko em direção ao gol dentro da área penal no 81º minuto. O VAR confirmou a mão, e Mokoena se apresentou para enganar o goleiro.
O treinador principal Hugo Broos estava orgulhoso do caráter que sua equipe mostrou, mas foi honesto sobre o que estava por vir.
"Estou muito orgulhoso da minha equipe. Este é o Bafana Bafana -- amamos bom futebol, somos agressivos, criamos chances. Sim, cometemos erros, mas estou muito orgulhoso da performance de hoje," disse Broos.
"A equipe da Chequia é poderosa e muito alta. Nós jogamos muito bem. É um pouco uma pena que seja apenas 1-1, mas temos que vencer o jogo contra a República da Coreia, que também será muito difícil.
"Se jogarmos com a mesma mentalidade, será possível."
Ambos os lados agora têm um ponto em dois jogos, deixando-os em uma posição difícil indo para a rodada final. A África do Sul enfrenta a Coreia do Sul em seguida, enquanto a Chequia joga contra o México -- ambos adversários formidáveis com algo a jogar.
A Chequia lamentará a desperdício de Schick acima de tudo. Se ele tivesse aproveitado qualquer uma de suas chances de cabeçada, a situação do grupo pareceria muito diferente. Em vez disso, eles devem vencer seu último jogo para ter alguma esperança realista de alcançar os 32 finais.
A partida também foi notável por ser apitada inteiramente por uma equipe feminina, liderada pela árbitra Tori Penso.