O time de Thomas Tuchel esteve longe de seu melhor ao vencer a República Democrática do Congo, precisando de dois gols tardios do capitão Harry Kane para avançar para as oitavas de final.
Rooney não poupou críticas em sua avaliação da performance após o apito final.
"Para mim, há grandes preocupações. Estamos todos felizes que a Inglaterra avançou, mas em particular quando a Inglaterra perde a bola, eles estão tão abertos," disse Rooney à BBC. "Contra um time melhor, acho que estaremos em grandes problemas se não resolvermos isso.
"A conexão não é boa entre a linha defensiva e o meio-campo, os laterais estão lutando, Madueke teve dificuldades. Não há conexões e grandes lacunas no meio do campo e isso é uma grande preocupação para mim.
"Ele realmente precisa olhar para isso, caso contrário, vamos ser eliminados."
A Inglaterra venceu a República Democrática do Congo na quarta-feira, mas teve dificuldades em grande parte da partida, e agora enfrentará o México na Cidade do México na manhã de segunda-feira.
Rooney também sugeriu que a Inglaterra deveria ter chamado a experiência de Kyle Walker após uma lesão em Tino Livramento.
"Já vimos isso antes, onde jogadores voltaram da aposentadoria... Acho que no minuto em que Tino Livramento se machucou, eles deveriam ter ligado imediatamente para Kyle Walker," disse Rooney.
"Kyle ainda é mais do que bom o suficiente e mais do que capaz de jogar nesta equipe da Inglaterra. Eu teria ligado para ele e dito: 'Escute, precisamos de você aqui, então você pode vir e nos ajudar', porque isso realmente pode nos custar. Estou preocupado com isso."
Rooney também foi crítico em relação à performance de Djed Spence como lateral-direito.
Apesar de suas preocupações, Rooney reservou elogios especiais para o autor do gol da vitória, Kane, que agora marcou 13 gols em Copas do Mundo.
"Seu cabeceio foi brilhante, mas o segundo gol foi incrível e ele é apenas um jogador de alto nível," disse Rooney. "Todos os melhores jogadores do mundo estão se destacando nesta Copa do Mundo, ele é a superestrela da Inglaterra, ele é o herói para nós.
"Há algumas coisas que eles precisam esclarecer: eu não estava muito certo sobre o meio-campo e a defesa naquela performance, mas a principal coisa no futebol é que você avança e Harry Kane fez isso novamente por nós."