Balogun foi expulso no 64º minuto da vitória dos EUA sobre a Bósnia e Herzegovina nas oitavas de final na quarta-feira, tendo já colocado sua equipe à frente.
O atacante foi julgado pelo árbitro, após uma revisão do VAR, por ter pisado no pé do defensor Tarik Muharemovic. As repetições mostraram o pé esticado de Balogun pousando no tornozelo do seu oponente enquanto os dois disputavam a bola.
Balogun também pareceu sofrer uma lesão na colisão, mas o árbitro optou por expulsá-lo após consultar o monitor à beira do campo. Pochettino foi categórico depois que o desafio não tinha intenção maliciosa.
"Para mim, nunca é um cartão vermelho," disse Pochettino. "Nunca foi (sua) intenção pisar no jogador.
"Foi uma ação normal no futebol, que você está lutando pela bola, e seus pés pousam, não? Sim, talvez tenha sido um pouco difícil, a cena, de assistir. Mas eu acho que nunca foi intencional."
Christian Pulisic apoiou a avaliação de seu treinador sobre o incidente, insistindo que seu companheiro de equipe não fez nada para merecer uma sanção tão severa.
O atacante dos EUA disse que Balogun "não merecia o cartão vermelho," descrevendo a decisão como "infeliz."
De acordo com as regulamentações da FIFA, a expulsão aciona uma suspensão automática para o próximo jogo dos EUA, uma que não pode ser apelada, confirmou um porta-voz da FIFA aos repórteres.
Pochettino sugeriu que ainda esperava que a suspensão pudesse ser revertida.
Ele disse que "deveria ser justo" apelar da decisão, mas admitiu que teria que considerar "diferentes opções" se esse caminho não fosse bem-sucedido.
Ricardo Pepi, que joga pelo PSV Eindhoven, ocupou a posição de atacante quando Balogun foi poupado para o último jogo da fase de grupos contra a Turquia.
Balogun nasceu em Nova York, mas foi criado na Inglaterra antes de se qualificar para representar os EUA, e se tornou uma figura chave na linha de ataque de Pochettino nesta Copa do Mundo.
O jogador de 24 anos marcou três vezes no torneio, incluindo um gol duplo na vitória de abertura sobre o Paraguai, deixando-o apenas dois gols atrás do recorde de todos os tempos da Copa do Mundo dos EUA de Landon Donovan, que é de cinco.
Pochettino admitiu que o cartão vermelho deixou Balogun com emoções mistas antes do confronto contra a Bélgica.
"Ele está muito decepcionado, porque eu acho que foi uma ação que foi não intencional. Mas também está feliz porque nos classificamos," disse Pochettino. "Não podemos fazer nada para mudar esse sentimento. Isso já passou. Isso é futebol. Ele precisa entender que esse tipo de situação acontece."
Pochettino terminou com uma nota de otimismo sobre as perspectivas de sua equipe sem seu atacante em forma.
"Com certeza ele vai nos ajudar a desempenhar. Espero que possamos ir para a próxima fase e (ele estará) disponível novamente."