O jogador de 30 anos deve chegar à Arábia Saudita na sexta-feira para completar uma transferência de £51 milhões, com o Villa prestes a finalizar a contratação de Nicolas Jackson, do Chelsea, por £65 milhões como seu substituto.
Emery elogiou a conduta de Watkins durante seus seis anos no Villa Park e confirmou que ele e o elenco aceitaram o pedido de desculpas do atacante após ele ter se tornado indisponível para a derrota do Premier League no domingo contra o Brighton & Hove Albion.
Watkins sai como o maior artilheiro do Villa na Premier League, com 91 gols, parte de um total geral de 108 em todas as competições desde que se juntou ao clube vindo do Brentford por £28 milhões em 2020. Ele foi uma figura central na conquista da Europa League pelo Villa em maio, e sua forma este ano lhe rendeu um lugar na seleção da Inglaterra para a Copa do Mundo deste verão.
"Ele nos disse após o jogo contra o Brighton que estava arrependido e que cometeu um erro. Ele estava errado, mas nós aceitamos. Os jogadores também," disse Emery.
"O compromisso dele e seu comportamento foram fantásticos. Ele é um cara fantástico - um cara fantástico ainda mais do que um jogador. Eu me despedi dele com um grande abraço e com pequenas lágrimas.
"Mas agora é um novo capítulo aqui com Nicolas Jackson."
O Villa concordou com os termos para Jackson e está trabalhando para registrar o internacional senegalês a tempo da visita do Arsenal na segunda-feira.
Watkins se torna a mais recente figura experiente a deixar o Villa Park neste verão, e Emery pediu aos torcedores que confiem na estratégia do clube, apesar da saída de vários membros-chave da campanha bem-sucedida da temporada passada.
"Tomamos decisões porque é bom para o clube," disse Emery. "Claro, não queremos ser um clube que vende jogadores, mas a responsabilidade está lá. É loucura [dinheiro para alguém] de 30 anos e £50 milhões por Ezri Konsa [que tem 28].
"Como nos desenvolvemos no último ano com alguns jogadores e como podemos vender alguns jogadores agora é completamente a decisão certa. Temos que reconstruir a equipe o mais rápido possível. [Os torcedores] têm que aceitar nosso caminho e por que estamos tomando algumas decisões."
Como parte dessa reconstrução, Leon Goretzka completou uma transferência gratuita para o Villa na quinta-feira após deixar o Bayern de Munique no final da última temporada. O meio-campista alemão ganhou sete títulos da Bundesliga e a Liga dos Campeões durante seu tempo na Baviera.
"Ele é um vencedor. Ele é um jogador muito competitivo - um bom jogador para adicionar ao nosso elenco," disse Emery sobre Goretzka. "Ele é versátil e chega em forma e treinando bem. Esperamos que na segunda-feira ele possa estar em campo."