Fernandes foi deixado no banco na derrota em casa por 3-0 contra o Bournemouth no domingo, após questionar publicamente a abordagem do United durante a derrota por 4-1 na Liga dos Campeões para o Como.
A decisão levantou questões sobre o relacionamento entre a dupla, especialmente com Carrick sob crescente pressão após a sequência decepcionante de resultados do United.
No entanto, o treinador do United deixou claro que Fernandes continua sendo uma parte importante de seus planos e continuará usando a braçadeira de capitão.
A dupla se encontrou no centro de treinamento Carrington do Manchester United na terça-feira, com suas discussões destinadas a resolver quaisquer questões pendentes e permitir que o clube se concentre em melhorar seu desempenho.
Falando antes do encontro da Premier League de sábado com o Chelsea, Carrick descartou sugestões de que uma decisão precisava ser tomada sobre a capitania de Fernandes.
"Não há decisão a ser tomada sobre isso," disse ele.
"Ouça, estamos claros sobre a situação da equipe, e como um clube de futebol, no momento.
"Ele é um jogador importante para este grupo. Ele tem sido e continuará sendo.
"Entre nós, temos que fazer a diferença e temos que empurrar as coisas em uma boa direção.
"Ele está totalmente comprometido com este clube de futebol, ele está totalmente comprometido em melhorar as coisas. Não há absolutamente nenhum problema com isso."
A omissão de Fernandes contra o Bournemouth atraiu considerável atenção, especialmente depois que ele foi crítico da abordagem tática da equipe após a derrota na Itália.
O meio-campista questionou a relutância do United em pressionar seus adversários de forma mais agressiva, sugerindo que a comissão técnica precisava reconsiderar sua estratégia.
Carrick insistiu posteriormente que sua decisão de deixar o capitão de fora foi baseada em considerações futebolísticas, e não em qualquer ação disciplinar.
Ele manteve essa posição enquanto deixava claro que o desentendimento não afetará as responsabilidades de longo prazo de Fernandes dentro do elenco.
"Não muda para mim. Foi uma decisão do que sentimos para o jogo contra o Bournemouth. É isso," acrescentou Carrick.
"Ele é quem liderou a equipe tão bem por muitos jogos e muitos anos, e continuará a fazer isso. Não há absolutamente nenhum problema com isso."
A confirmação chega em um momento importante para o United, com Carrick precisando restaurar a confiança e encontrar uma maneira de melhorar os resultados.
A derrota contra o Bournemouth estendeu uma sequência alarmante sem vitórias, aumentando o escrutínio sobre o treinador e a decisão do clube de mantê-lo no comando.
O United agora viajará para Stamford Bridge sabendo que outra performance decepcionante intensificaria a pressão.
O retorno de Fernandes ao time titular permanece uma decisão de seleção separada, embora seu envolvimento contínuo seja significativo enquanto Carrick tenta trazer maior estabilidade à equipe.
Os comentários do treinador, no entanto, removem uma fonte de incerteza, com o internacional português mantendo a capitania e o apoio de seu treinador.
Para Carrick, a prioridade imediata é garantir que as discussões se traduzam em desempenhos melhorados, em vez de permitir que o desentendimento se torne outra distração durante uma campanha cada vez mais difícil.