Baena opende de score vanaf de strafschopstip in de 39e minuut na een handbal van Lukáš Ambros. Pubill besliste vervolgens de wedstrijd met een doelpunt in de blessuretijd, waarbij hij scoorde in de 96e minuut nadat Tsjechië was teruggebracht tot 10 man na de uitsluiting van Ladislav Krejčí.
"Het was een zeer gelijkopgaande wedstrijd tegen een zeer intens team," zei De la Fuente daarna. "Wanneer we in staat zijn om met meer rust te spelen, willen we snel aanvallen. Als we eerder hadden gescoord, zou het gemakkelijker zijn geweest."
De Spaanse coach erkende dat de gastheren het leven moeilijk hadden gemaakt, vooral bij standaardsituaties.
"Ze creëerden gevaar voor ons bij standaardsituaties. Ik denk dat we met grote kalmte, controle en bewustzijn hebben gespeeld," zei hij.
Het resultaat bracht Spanje op 15 punten uit vijf wedstrijden in Groep A3 van de Nations League, terwijl ze de vorige ongeslagen reeks van Brazilië overtroffen.
"Intelligente mensen erkennen de waarde van wat er wordt bereikt. We hebben de reeks van Brazilië overtroffen. Alleen een dwaas zou dit niet waarderen," zei De la Fuente.
"Na 44 wedstrijden zonder te verliezen, komt de nederlaag dichterbij. We zijn ons bewust van hoe moeilijk dit is."
De coach uitte ook frustratie over de berichten rond het nationale team, en benadrukte dat kritiek niet zijn zorg was, maar dat onnauwkeurige verhalen onaanvaardbaar waren.
"Wat me dwarszat was dat ze de waarheid niet vertelden, dat ze situaties verzonnen om een verhaal te genereren," zei hij. "Ik vraag alleen om respect."
Er was positief nieuws over de selectie, met De la Fuente die bevestigde dat Lamine Yamal en Mikel Oyarzabal zich bij de groep zouden voegen voor de ontmoeting van zondag met Engeland.
"We hebben heel goed nieuws. Beiden gaan zich bij de selectie voegen. Zowel Lamine als Oyarzabal," kondigde hij aan.
Hij prees ook de bijdrage van Fermín López, ondanks dat de middenvelder nog steeds wacht op zijn eerste doelpunt voor Spanje.
"Fermín is een fantastische voetballer die ons zoveel geeft. Ik heb vandaag ontdekt dat hij nog niet voor ons heeft gescoord," zei De la Fuente. "Ik focus op alles wat hij creëert. De doelpunten zullen komen, maar scoren is niet essentieel voor hem om belangrijk voor ons te zijn."