Marc Pubill's prachtige schot van afstand bracht Atletico Madrid op voorsprong in de 59e minuut voordat Villarreal reageerde met twee penalties aan weerszijden van Robin Le Normand's rode kaart in de 76e minuut, met Gerard Moreno en Georges Mikautadze die vanaf de stip doel troffen voordat Atlético een punt redde in een chaotische finish.
Álvarez, die als vervanger werd ingebracht, verliet het veld alleen aan het einde zonder de thuis supporters te benaderen.
Simeone legde uit dat de beslissing door de club was genomen en niet door de speler zelf.
"Mensen bij de club vertelden me dat de club besloot dat hij niet naar de tribune en zijn mensen moest gaan. De beslissing was van de club, om hem weg te houden en te scheiden, zodat hij rechtstreeks naar de kleedkamer zou komen."
Toen hem werd gevraagd of hij advies had voor Álvarez te midden van de aanhoudende transfersaga, hield Simeone zijn focus op voetbalzaken.
"Ik ben hier niet om advies te geven. Ik moet me concentreren op mijn werk, wat is om mijn best te doen vanuit sportief oogpunt. Als we een titel willen winnen, moeten we samen blijven, aanvallers hebben en belangrijke aanvallers hebben."
Hij weigerde verder in te gaan: "Ik ga niet op elke vraag over Julián antwoorden. Ik begrijp de bezorgdheid en we kunnen praten over wat er in de wedstrijd is gebeurd."
Over de prestatie zelf voelde Simeone dat zijn ploeg het spel lange tijd onder controle had.
"Het team controleerde de wedstrijd, toonde een belangrijke defensieve kant, werkte vrij goed ondanks dat Oblak's reddingen nodig waren. Tegen een team met belangrijke aanvallende spelers, de beste counteraanvallers in LaLiga, namen we de leiding in de wedstrijd die we moesten spelen. We gingen voorop met een geweldig doelpunt van Pubill en we misten het beheer van de tijd die volgde. Ik ga niet stilstaan bij de penalties, of ze terecht waren of niet, ze zijn al gegeven. We moesten een ongelooflijke inspanning leveren."
Simeone bood ook een ongebruikelijke verontschuldiging aan Ademola Lookman voor het vragen om als centrale aanvaller te spelen in Álvarez's aanhoudende afwezigheid van volledige fitheid.
"Me verontschuldigen bij Lookman, ik weet dat het niet zijn positie is. Hij moest ons helpen, omdat Sørloth geblesseerd is en Julián in zijn beste vorm komt. Hij is een nobele jongen die hard werkt, maar hij miste waar hij van geniet, namelijk dribbelen, doelpunten maken, één-tegen-één situaties, en dat zullen we hem teruggeven wanneer we onze aanvallers beschikbaar hebben."
Villarreal's nieuwe hoofdcoach Íñigo Pérez, die voor het eerst de leiding nam in LaLiga uit bij het Metropolitano, voelde dat zijn ploeg oprecht was verbeterd ondanks het incasseren van twee doelpunten.
"Wanneer het lijkt alsof het gemakkelijker is, of je onderbewustzijn je berichten stuurt dat de situatie onder controle is, dat is wanneer je ontspant. De energie, het enthousiasme van deze coach, dit team en deze steun maakte het verschil, en dat is wat er gebeurde. Ik denk niet dat we het op dat moment correct interpreteerden, maar daarbuiten ben ik het ermee eens dat de rest van de wedstrijd perfect werd geïnterpreteerd."
Pérez wees op Villarreal's mentaliteit in het terugvechten na achterstand.
"Een wedstrijd spelen die je je hebt voorgesteld, die je in de training hebt geoefend, die goed gaat, dan een doelpunt incasseren en met datzelfde idee blijven en twee doelpunten maken spreekt van een goede mentaliteit in dit team. Elke coach probeert dat in te prenten, maar de spelers hebben het in zich."
Over de vier doelpunten die tot nu toe dit seizoen zijn geïncasseerd, voegde hij toe: "Twee zijn schoten van buiten de zestien, en de andere is een penalty die we op een absurde manier incasseren. Ik denk niet dat het me zorgen baart om vier doelpunten te hebben geïncasseerd, ik denk dat het deel uitmaakt van dit proces."