Het vertrek van de 48-jarige was breed verwacht na berichten dat hij dicht bij een overeenkomst met Benfica was, die op zoek zijn naar een vervanger voor José Mourinho, nadat de Portugese manager Lissabon verliet om hoofdtrainer van Real Madrid te worden.
In een afscheidsboodschap gericht aan de supporters van Fulham schreef Silva: "Na vijf jaar komt onze gezamenlijke reis tot een einde. Aan onze fans -- ik heb jullie vanaf dag één gevraagd om altijd bij ons te zijn. En dat is wat jullie de afgelopen vijf jaar deden. We hebben samen veel bereikt.
"Mijn staf en ik hebben altijd jullie steun gevoeld. Het zal nooit vergeten worden. Fulham zal altijd in mijn hart zijn, en vroeg of laat ben ik terug in Craven Cottage."
Silva kwam in juli 2021 bij Fulham, toen de club net was gedegradeerd uit de Premier League. Hij won de Championship bij de eerste poging en leidde de club uit West-Londen naar de 13e, 10e, 13e en 11e plaats in zijn vier seizoenen op het hoogste niveau. Een overwinning op de laatste dag van dit seizoen tegen Newcastle United verzekerde de 11e plaats met 52 punten.
Fulham-eigenaar Shahid Khan bracht een eerbetoon aan de vertrekkende manager terwijl hij de intentie van de club aangaf om snel te handelen voor zijn vervanger.
"Marco en Fulham waren een uitstekende match," zei Khan. "Verandering is onvermijdelijk in dit spel, en we hebben ons dienovereenkomstig voorbereid op dit moment. Het talent in onze selectie, ons historische thuisstadion Craven Cottage, onze trouwe supporters, en mijn toewijding om de club te steunen, maken Fulham een buitengewoon aantrekkelijke bestemming voor een nieuwe hoofdcoach."
Besprekingen tussen Silva en Benfica zouden de afgelopen dagen aanzienlijk zijn gevorderd, met een overeenkomst binnen handbereik.