Thomas Tuchel's team was verre van hun beste terwijl ze DR Congo nipt versloegen, met twee late doelpunten van aanvoerder Harry Kane om door te gaan naar de ronde van 16.
Rooney hield niet terug met zijn beoordeling van de prestatie na het eindsignaal.
"Voor mij zijn er grote zorgen. We zijn allemaal blij dat Engeland door is, maar vooral wanneer Engeland de bal verliest, zijn ze zo open," zei Rooney tegen de BBC. "Tegen een beter team denk ik dat we in grote problemen zijn als we dat niet oplossen.
"De verbinding is niet geweldig tussen de verdediging en het middenveld, de backs hebben het moeilijk, Madueke had het moeilijk. Er zijn gewoon geen verbindingen en grote gaten in het midden van het veld en dat is een grote zorg voor mij.
"Hij moet daar echt naar kijken, anders gaan we eruit."
Engeland versloeg DR Congo op woensdag maar had het moeilijk gedurende grote delen van de wedstrijd, en zal nu Mexico ontmoeten in Mexico-Stad op maandagochtend.
Rooney suggereerde ook dat Engeland de ervaring van Kyle Walker had moeten inschakelen na een blessure van Tino Livramento.
"We hebben het eerder gezien waar spelers uit hun pensioen zijn gekomen... Ik denk dat op het moment dat Tino Livramento geblesseerd raakte, ze meteen de telefoon naar Kyle Walker hadden moeten pakken," zei Rooney.
"Kyle is nog steeds meer dan goed genoeg en meer dan capabel om in dit Engelse team te spelen. Ik zou hem gebeld hebben en gezegd hebben: 'Luister, we hebben je hier nodig, dus kun je komen en ons helpen', want dat kan ons echt kosten. Daar maak ik me zorgen over."
Rooney was ook kritisch over de prestatie van Djed Spence als rechtsback.
Ondanks zijn zorgen, had Rooney speciale lof voor matchwinner Kane, die nu 13 doelpunten op het Wereldkampioenschap heeft gescoord.
"Zijn kopbal was briljant, maar het tweede doelpunt was ongelooflijk en hij is gewoon zo'n top speler," zei Rooney. "Alle beste spelers ter wereld presteren op dit Wereldkampioenschap, hij is de superster van Engeland, hij is de held voor ons.
"Er zijn een paar dingen die ze moeten ophelderen: ik was niet zo zeker over het middenveld en de verdediging in die prestatie, maar het belangrijkste in voetbal is dat je doorgaat en Harry Kane heeft het weer voor ons gedaan."