Balogun werd in de 64e minuut van de overwinning van de VS in de laatste 32 tegen Bosnië en Herzegovina op woensdag van het veld gestuurd, nadat hij zijn team al op voorsprong had gezet.
De aanvaller werd door de scheidsrechter, na een VAR-beoordeling, beoordeeld als iemand die op de achterkant van de voet van verdediger Tarik Muharemovic had gestampt. Herhalingen toonden aan dat Baloguns uitgestrekte voet op de draaiende enkel van zijn tegenstander landde terwijl de twee om de bal streden.
Balogun leek ook een blessure op te lopen bij de botsing, maar de scheidsrechter besloot hem van het veld te sturen na overleg met de monitor aan de zijlijn. Pochettino was er daarna van overtuigd dat de tackle geen kwade opzet had.
"Voor mij is het nooit een rode kaart," zei Pochettino. "Het was nooit (zijn) bedoeling om op de speler te stappen.
"Het was een normale actie in het voetbal, dat je vecht om de bal, en je voeten landen, toch? Ja, misschien was het een beetje zwaar, de scène, om te bekijken. Maar ik denk dat het nooit opzettelijk was."
Christian Pulisic steunde de beoordeling van zijn manager over het voorval en volhardde dat zijn teamgenoot niets had gedaan om een dergelijke zware sanctie te rechtvaardigen.
De Amerikaanse aanvaller zei dat Balogun "de rode kaart niet verdiende," en beschreef de beslissing als "ongelukkig."
Volgens de FIFA-regels leidt het sturen van een speler tot een automatische schorsing voor de volgende wedstrijd van de VS, een schorsing die niet kan worden aangevochten, bevestigde een FIFA-woordvoerder aan verslaggevers.
Pochettino suggereerde dat hij nog steeds hoopte dat de schorsing kon worden teruggedraaid.
Hij zei dat het "eerlijk zou moeten zijn" om de beslissing aan te vechten, maar gaf toe dat hij "verschillende opties" zou moeten afwegen als die route niet succesvol was.
Ricardo Pepi, die voor PSV Eindhoven speelt, nam de plaats in de aanval in toen Balogun werd uitgespaard voor de laatste groepswedstrijd tegen Turkije.
Balogun werd geboren in New York maar groeide op in Engeland voordat hij zich kwalificeerde om de VS te vertegenwoordigen, en is een belangrijke figuur geworden in Pochettino's aanvalslinie tijdens dit Wereldkampioenschap.
De 24-jarige heeft drie keer gescoord in het toernooi, waaronder een dubbel in de openingsoverwinning op Paraguay, waardoor hij nog maar twee doelpunten verwijderd is van Landon Donovan's all-time USA Wereldkampioenschapsrecord van vijf.
Pochettino gaf toe dat de rode kaart Balogun met gemengde gevoelens had achtergelaten voor de wedstrijd tegen België.
"Hij is erg teleurgesteld, omdat ik denk dat het een actie was die onopzettelijk was. Maar hij is ook blij omdat we ons hebben gekwalificeerd," zei Pochettino. "We kunnen niets doen om dat gevoel te veranderen. Dat is voorbij. Dat is voetbal. Hij moet begrijpen dat dit soort situaties gebeuren."
Pochettino eindigde op een optimistische noot over de vooruitzichten van zijn team zonder hun in vorm zijnde aanvaller.
"Zeker, hij gaat ons helpen om te presteren. Ik hoop dat we naar de volgende ronde kunnen gaan en dat hij weer beschikbaar zal zijn."