Benfica heeft bevestigd dat ze €14 miljoen zullen betalen voor de 31-jarige, met Bayern dat nog eens €5 miljoen kan verdienen aan bonussen, en Palhinha heeft een contract getekend dat loopt tot de zomer van 2030.
Sportief directeur Max Eberl legde de gedachtegang achter het laten vertrekken van de Portugese international uit: "We hebben openhartig de situatie van João Palhinha met hem besproken en een oplossing gevonden waar we het allemaal mee eens kunnen zijn.
"Hij heeft besloten zijn carrière in zijn thuisland voort te zetten. We bedanken hem voor zijn tijd bij FC Bayern en wensen hem het beste voor de toekomst."
Bayern tekende Palhinha van Fulham in de zomer van 2024 voor een bedrag van ongeveer €50 miljoen, waarbij hij aankwam met een reputatie als een van de meest strijdvaardige middenvelders van de Premier League na twee productieve seizoenen in West-Londen, maar hij kon geen vaste basisplaats in München afdwingen, met slechts 25 optredens zonder doelpunt of assist, en bracht vorig seizoen op huurbasis door bij Tottenham, waar hij vijf doelpunten scoorde en twee assists gaf in 33 Premier League-optredens.
Palhinha, die zijn carrière begon bij Sporting voordat hij naar Engeland verhuisde, beschouwde de overstap naar Benfica als een terugkeer naar een veeleisende omgeving.
"De verwachtingen zijn erg hoog, zoals we allemaal weten, wanneer je Benfica vertegenwoordigt," zei hij. "En op dit moment ben ik gewoon een van de velen die helpt, alles geeft voor de club.
"Ik heb er geen twijfel over dat de hele structuur, alle fans, ook verlangen naar het winnen van titels."
De overstap brengt Palhinha terug naar het Portugese voetbal voor het eerst sinds hij Sporting CP verliet voor Fulham in 2022. Hij komt bij Benfica als een ervaren defensieve middenvelder met recente ervaring op het hoogste niveau in zowel Duitsland als Engeland, wat de club een extra optie biedt terwijl ze hun selectie voor het komende seizoen blijven vormgeven.