Gakpo gaf aan dat hij in de 17e minuut gewisseld moest worden nadat hij leek te zijn getroffen door twee sterke uitdagingen in snelle volgorde.
De 27-jarige was in uitstekende vorm voor zowel club als land en had gescoord in de vorige wedstrijd van Nederland, een 1-1 gelijkspel tegen Duitsland op donderdag.
Zijn laatste blessure dreigt daarom een productieve start van het seizoen te onderbreken.
De situatie is bijzonder zorgwekkend voor Liverpool omdat Gakpo's vertrek slechts enkele uren kwam nadat Alexander Isak was uitgesloten voor de rest van Zweden's interlandwedstrijden vanwege een dijblessure.
Isak is al teruggekeerd naar Liverpool voor verdere beoordeling nadat hij het kamp van Zweden had verlaten.
Zweden's manager Graham Potter beschreef het probleem van de aanvaller als klein, maar bevestigde dat de drukke internationale agenda betekende dat hij niet kon spelen.
"Hij heeft een klein probleem met zijn dij," zei Potter.
"Het is niet groot, maar vanwege het aantal wedstrijden dat we in een korte tijd hebben, kan hij die niet spelen."
Potter legde uit dat de aard van Isak's blessure pas duidelijker werd na de wedstrijd.
"Het was tijdens de wedstrijd. Zoals met alles, krijg je soms stoten en blauwe plekken in het spel, je zou kunnen denken dat het een beetje een dode been of zoiets is," zei hij.
"Maar eigenlijk, na 24 uur, 48 uur na de wedstrijd, is het niet helemaal wat je denkt."
Isak zal daarom de resterende drie wedstrijden van Zweden tijdens de interlandbreak missen.
Liverpool's medische staf zal hem beoordelen na zijn terugkeer naar de club, hoewel de Premier League-zijde pas weer speelt op 11 oktober, wanneer ze Manchester City ontmoeten.
Nederland staat nu voor een soortgelijke wachttijd voor duidelijkheid over Gakpo.
De aanvaller was de interlandbreak sterk begonnen, en hij en Isak hadden al samengewerkt voor vier Liverpool-doelpunten dit seizoen.
Gakpo's laatste interlandoptreden duurde slechts 17 minuten voordat hij vroegtijdig om vervanging vroeg.
Nederland's manager Xavi Hernandez werd verwacht een beoordeling te geven na de wedstrijd.
Voor Liverpool creëert het tijdstip een ongewenste selectieprobleem.
De club had gehoopt om na de interlandbreak terug te keren met hun aanvallende opties intact, maar Isak is al niet beschikbaar voor Zweden en Gakpo staat nu voor beoordeling na zijn vroege vertrek in Belgrado.
De ernst van Gakpo's blessure moet nog worden vastgesteld.
Liverpool zal daarom wachten op verdere medische informatie voordat ze weten of een van de aanvallers beschikbaar zal zijn wanneer het clubvoetbal weer begint.