Het is een prestatie die hem naast Cristiano Ronaldo en Lionel Messi plaatst als de enige spelers die de prijs minstens twee keer hebben gewonnen.
Kane scoorde 36 Bundesliga-doelpunten om de eer te claimen, die wordt toegekend aan de topscorer van de hoogste divisies in Europa, en evenaarde het totaal dat hem ook twee jaar geleden de prijs opleverde.
Bayern München-president Herbert Hainer zei dat de aanvaller zich bij een elitegroep van de club's eigen doelpuntenmakers heeft gevoegd.
"Harry Kane staat naast legendarische aanvallers zoals Gerd Muller en Karl-Heinz Rummenigge bij FC Bayern," zei Hainer, via de officiële website van de club.
Chief executive Jan-Christian Dreesen prees ook Kane's impact zowel op als buiten het veld.
"Wanneer Harry Kane speelt, kijkt de hele wereld mee. Hij heeft FC Bayern en de Bundesliga naar een nieuw niveau getild," zei Dreesen, toevoegend dat de bereidheid van de aanvaller om het team boven persoonlijk succes te stellen hem onderscheidt van veel van zijn leeftijdsgenoten.
Kane scoorde 73 doelpunten in alle competities voor club en land afgelopen seizoen, en hielp Engeland aan een bronzen medaille op het WK van deze zomer. Hij heeft nu 147 doelpunten gescoord in 146 wedstrijden voor Bayern München sinds hij bij de club kwam, een record dat hem een van de meest productieve aanvallers in de geschiedenis van de Bundesliga maakt, ondanks dat hij relatief laat in zijn carrière in Duitsland arriveerde.
De Gouden Schoen, voor het eerst geïntroduceerd door de Franse publicatie L'Equipe in 1967-68 en sinds 1997 uitgereikt door European Sports Media, wordt bepaald met behulp van een gewogen puntensysteem dat doelpunten in de sterkste competities van Europa bevoordeelt.
Kane's tweede prijs plaatst hem net achter Messi en Ronaldo, die het elk meerdere keren hebben gewonnen, en bevestigt verder zijn status als een van de meest constante doelpuntenmakers van het continent in het moderne tijdperk. Hij zal de trofee formeel ontvangen tijdens een ceremonie in het FC Bayern Museum op 19 augustus.