De Portugese middenvelder heeft twee contractaanbiedingen van United afgewezen, terwijl zijn huidige overeenkomst aan het einde van het seizoen afloopt. De club heeft echter de optie om zijn verblijf met nog eens 12 maanden te verlengen.
Manchester United is erop gebrand hun aanvoerder te behouden, maar het is bekend dat Fernandes de richting van de club onder Pochettino wil beoordelen voordat hij een beslissing neemt over een nieuwe deal.
Een bron vertelde The Sun: "Bruno wil zien wat er de rest van dit seizoen gebeurt voordat hij zich committeert.
"Zijn relatie met de club is de afgelopen jaren wisselend geweest.
"Hij had zijn beste seizoen ooit, maar is ontevreden over sommige beslissingen sinds Sir Jim Ratcliffe en Ineos in de club hebben geïnvesteerd.
"Hij weet dat Poch een goede manager is, maar wil zien of de club hem goed ondersteunt -- hij en enkele andere spelers denken dat ze dit seizoen zijn opgezet om te falen."
Dezelfde bron beweerde dat er frustratie onder de spelers was over de wervings- en besluitvormingsprocessen van de club, met name het falen om tijdens de zomer een andere linksback aan te trekken.
"De spelers geloven dat het falen om in de zomer een andere linksback te kopen onacceptabel was.
"Ze zijn verbaasd over sommige beslissingen.
"Er is een kloof tussen de spelers en de hiërarchie."
Fernandes is een centrale figuur geweest op Old Trafford sinds zijn komst van Sporting in 2020, maar het moeilijke seizoen van United heeft onzekerheid gecreëerd over zijn toekomst.
Hij werd onlangs gepasseerd door Michael Carrick na de nederlaag tegen Como in de Champions League, nadat hij naar verluidt de tactiek van de manager had bekritiseerd. Carrick werd vervolgens ontslagen na de slechte start van United in de Premier League.
Pochettino is nu aangesteld als zijn opvolger, en United hoopt dat de Argentijn kan helpen om Fernandes te overtuigen om bij de club te blijven.
De contractuele positie van de middenvelder biedt de club enige bescherming. Als er geen nieuwe overeenkomst wordt bereikt, kan United het extra jaar voor januari activeren, waardoor hij wordt verhinderd om tijdens de wintertransferperiode een pre-contractuele overeenkomst met een buitenlandse club te onderhandelen.
Die optie is belangrijk omdat, zonder een verlenging, Fernandes vanaf januari met clubs buiten Engeland kan spreken met het oog op een gratis transfer wanneer zijn contract afloopt.
United heeft duidelijk gemaakt dat ze willen dat hij blijft, en de club wordt verwacht door te gaan met de gesprekken met zijn vertegenwoordigers. Fernandes heeft echter al twee voorstellen afgewezen, wat betekent dat de komst van een nieuwe manager een belangrijke factor kan zijn in het bepalen of de onderhandelingen vorderen.
Pochettino's eerste taak zal zijn om de resultaten te verbeteren en het vertrouwen op Old Trafford te herstellen. Of hij de aanvoerder ook kan overtuigen dat United de goede richting opgaat, kan net zo belangrijk blijken te zijn voor de langetermijnplannen van de club.