Exclusief spreken met Football Presse, zei Jones dat hij de omstandigheden rond de gemiste kans van Southampton nog steeds niet kan begrijpen, en volhield dat de gevolgen zowel sportief als financieel een ramp voor de club zijn geweest.
"Southampton had een kans op promotie en ze hebben £200 miljoen misgelopen," zei Jones. "Vooral omdat je het moet toeschrijven aan domheid.
"Het spijt me, maar dat is wat het is -- het is domheid."
Jones gelooft dat er geen rechtvaardiging is voor wat er is gebeurd, en betoogt dat de regels die de situatie beheersten duidelijk waren vastgesteld na eerdere incidenten in het Engelse voetbal.
"De regels zijn er," zei hij.
"De regels waren er toen ze werden gemaakt nadat (Marcelo) Bielsa het deed bij Leeds. Dus ze zijn al drie of vier jaar van kracht.
"Er is geen excuus."
De verwijzing naar "Bielsa" heeft betrekking op de beruchte "Spygate"-schandaal van 2019, toen Leeds United-manager Marcelo Bielsa toegaf personeel te hebben gestuurd om de trainingssessies van de tegenstanders te observeren tijdens hun promotiecampagne in de Championship. De nasleep leidde tot een boete van £200.000 voor Leeds en de invoering van strengere EFL-regels die clubs verbieden om tegenstanders te laten trainen binnen 72 uur voor een wedstrijd.
Jones gelooft dat de situatie van Southampton nooit een crisis had moeten bereiken, en volhardt dat de club sterk genoeg was op het veld om promotie te verzekeren zonder dat controverses hun seizoen overschaduwden.
"Voor een club die het goed deed en waarschijnlijk gepromoveerd zou zijn omdat ze het in-form team waren..." zei hij. "Domheid.
"Dat is het enige wat ik kan zeggen."
De voormalige Southampton-baas, die de club tussen 1997 en 2000 leidde, gelooft ook dat de nasleep blijvende gevolgen zal hebben, verder dan de onmiddellijke teleurstelling van het mislopen van promotie.
"Er zijn nog steeds veel vragen te beantwoorden," zei Jones. "Ik denk niet dat ze dat zijn.
"Het wordt volgend jaar niet gemakkelijk.
"Waar ze ook gaan, alle fans die naar het stadion komen, wat gaan ze dan zingen?"
Jones waarschuwde dat de reputatieschade wel eens lang kan aanhouden in het volgende seizoen, met supporters en rivaliserende clubs die waarschijnlijk de controverse levend houden.
"Ze moeten veel problemen overwinnen," zei hij. "Het gaat grote beslissingen vergen."
De voormalige Everton-back gaf toe dat hij de besluitvormingsprocessen achter het incident nog steeds niet begrijpt, en suggereerde dat moderne clubs al uitgebreide scoutingnetwerken bezitten die dergelijke acties onnodig maken.
"Waarom ze het deden, dat kan ik niet begrijpen," zei hij. "Teams spelen twee keer per seizoen tegen elkaar. Ze sturen scouts om wedstrijden te bekijken.
"Ze zouden elkaar veelvuldig hebben gezien tijdens het seizoen."
Jones gaf toen zijn meest directe beoordeling.
"Waarom je iemand moet bespioneren, ik heb er geen idee van," zei hij. "Ik kan het niet begrijpen. Het is gek.
"Nee, niet gek.
"Ik denk dat het woord dom is.
"En dat is waar ik bij blijf."
Jones, die meer dan 800 professionele wedstrijden heeft geleid in een carrière van meer dan drie decennia, inclusief periodes bij Wolves, Cardiff City, Southampton en Sheffield Wednesday, gelooft dat zijn voormalige club nu zorgvuldig moet herbouwen na het schadelijke voorval.
"Ze hebben £200 miljoen misgelopen," zei hij opnieuw. "Voor een club als Southampton is dat enorm."
Jones' opmerkingen komen tegen de achtergrond van hernieuwde scrutinie van "Spygate"-incidenten in het Engelse voetbal na de zaak van Leeds United in 2019, die de EFL-regels hervormde en een van de meest besproken managementcontroverses van het moderne Championship-tijdperk blijft.
Voor Jones is de boodschap echter simpel -- de fout van Southampton was volledig te vermijden.
"Maar voor mij," zei hij. "Er is geen ontkomen aan.
"Het was domheid."