De 31-jarige was afwezig toen Everton Newcastle verwelkomde in het Hill Dickinson Stadium voor de vierde ronde op donderdag, waarbij de club bevestigde dat zijn afwezigheid disciplinaire redenen had en niet met een blessure te maken had.
Het team van David Moyes bereikte de kwartfinales met een 3-1 overwinning, maar de omstandigheden rond de afwezigheid van Grealish hebben vragen opgeworpen over zijn directe toekomst bij de club.
Everton maakte de beslissing bekend via hun officiële teamnieuws voor de aftrap.
"Jarrad Branthwaite blijft voor de tweede achtereenvolgende wedstrijd aan de kant vanwege protocollen voor hersenschuddingen, terwijl Jack Grealish niet beschikbaar is voor selectie vanwege een schending van de clubdiscipline," verklaarde de club.
Volgens berichten heeft Grealish maandag zonder toestemming de training gemist.
De Engelse international had de vorige Premier League-wedstrijd van Everton tegen Arsenal gemist vanwege ziekte, waarbij de Toffees met 2-0 verloren in het Emirates Stadium.
Hij keerde vervolgens terug naar de training op het Finch Farm-complex van de club, maar zijn ongeoorloofde afwezigheid leidde tot disciplinaire maatregelen en de mogelijkheid van een financiële straf.
Het voorval is bijzonder ongelukkig voor Grealish gezien het belang dat Moyes aan zijn ervaring en leiderschap heeft gehecht sinds hij hem terug naar Merseyside bracht.
De vleugelspeler genoot vorig seizoen van een productieve uitleenperiode bij Everton, waarbij hij twee doelpunten en zes assists registreerde in 20 optredens voordat een voetblessure zijn campagne vroegtijdig beëindigde.
Manchester City stemde vervolgens in met een andere uitleenperiode van een seizoen, waardoor Grealish de kans kreeg om zijn fitheid te herbouwen en de vorm te herontdekken die hem een van de meest invloedrijke aanvallende spelers van het Engelse voetbal maakte.
Moyes heeft herhaaldelijk benadrukt dat hij meer verwacht dan individuele prestaties van de voormalige middenvelder van Aston Villa.
Eerder in het seizoen legde de manager van Everton uit dat Grealish de verantwoordelijkheid had om een senior figuur te worden binnen een ontwikkelend team.
"Ik denk dat Jack nu weet wat ik verwacht. We hebben vorig jaar veel gesprekken gehad. Hij weet dat wanneer hij hier komt, er een kans voor hem is om te spelen en te laten zien wat hij kan doen.
"Maar ik wil ook dat hij een senior professional en een rolmodel is. We hebben Tyrique en Tyler en als je ooit naar iemand kijkt voor hoe je als vleugelspeler moet spelen, zou Jack Grealish zeker een van hen zijn.
"Ik denk dat beiden enorm veel van Jack kunnen leren en ik wil dat hij die senior burger onder hen wordt, iemand die hen onderwijst."
Moyes verwees naar de jonge aanvallende spelers Tyrique George en Tyler Dibling, waarbij de manager erop staat dat Grealish zijn ervaring gebruikt om hun ontwikkeling te helpen.
Hij gelooft ook dat de vleugelspeler de persoonlijkheid heeft om de verwachtingen te hanteren die komen kijken bij het zijn van een van de meest herkenbare spelers van Everton.
"Als er één persoon is die die [druk] zou kunnen dragen, zou het Jack zijn, gewoon vanwege wie hij is. Hij zal het gemakkelijk vinden om verwachtingen te dragen en hij zal daar blij mee zijn. Dat is zijn karakter," zei Moyes.
De manager erkende ook dat de supporters verwachtten dat Grealish zijn beste voetbal zou herontdekken tijdens zijn tweede seizoen bij de club.
"Ik denk dat dat het geval is [dat er meer verwachting is in het tweede seizoen] omdat iedereen wil dat Jack terugkomt naar waar hij was. Zijn eerste drie maanden voor ons vorig seizoen waren enorm belangrijk voor het behalen van overwinningen, dus nu gaat het erom hem goed te krijgen om weer op dat niveau te presteren."
Moyes benadrukte eerder de fysieke moeilijkheden waarmee Grealish te maken had na zijn lange afwezigheid, en legde uit dat de speler zeseneenhalve maand afwezig was geweest en geen volledige voorbereiding had genoten.
Hij suggereerde ook dat regelmatige wedstrijden bijzonder belangrijk zouden zijn om de vleugelspeler te helpen zijn scherpte terug te krijgen.
Grealish had dit seizoen zes optredens voor Everton gemaakt voordat de wedstrijd tegen Newcastle plaatsvond, nadat hij terugkeerde naar het team na zijn afwezigheid tegen Arsenal.
Het disciplinaire voorval vormt nu een ongewenste complicatie voor een speler die consistent voetbal nodig heeft om zijn vertrouwen en fitheid te herbouwen.
Voor Moyes is de boodschap echter duidelijk: de ervaring en reputatie van Grealish brengen verantwoordelijkheden met zich mee, en zijn positie binnen de selectie hangt af van het voldoen aan de normen die van een senior professional worden verwacht.