De afwezigheid van Fernández bij de overwinning op Luton Town op donderdag kwam als een verrassing, aangezien Alonso de dag ervoor had gezegd dat hij de Argentijn wilde gebruiken.
De hoofdcoach legde zijn redenering uit zonder direct in te gaan op de speculaties die Fernández koppelden aan een transfer van £120 miljoen naar Manchester City.
"We hebben de spelers nodig die in de beste situatie zijn om te spelen. We moeten alles in overweging nemen -- spelers die in een goed moment zijn, spelers die niet die energie voelen om te spelen. Voor mij is het heel belangrijk dat ze deze wens voelen om te spelen en een goede voorbereiding te hebben," zei Alonso.
Alonso onthulde dat hij rechtstreeks met Fernández had gesproken voordat hij de beslissing nam.
"We hebben gepraat en we besloten dat het beter was om geen deel uit te maken van de selectie. Hij is een top speler," zei hij.
Chelsea-bronnen hielden donderdagavond vol dat er geen formele benadering van City was ontvangen, ondanks de groeiende speculaties, zelfs toen Fernández' uitsluiting het gesprek voedde dat club-tot-club gesprekken al aan de gang waren.
Toen hem werd gevraagd of Chelsea een vervanger zou moeten vinden als Fernández vertrok, weigerde Alonso in hypothetische situaties te treden met nog enkele dagen te gaan voor de deadline.
"Sorry, maar ik ben niet degene die te vroeg praat. We zullen zien wat er gebeurt. We willen altijd klaar zijn," zei hij. "We zijn vrij dicht bij het plan dat we hadden. We zullen zien waar we eindigen, of het volledig is uitgevoerd of dat er nog dingen te doen zijn of dingen die we niet konden doen.
"Maar over het algemeen is de balans van wat we hebben goed. We moeten zien hoe de laatste paar dagen zich ontwikkelen. Het team komt samen."