Fernandes zat op de bank tijdens de 3-0 thuisnederlaag tegen Bournemouth op zondag, nadat hij publiekelijk de aanpak van United had betwijfeld tijdens hun 4-1 nederlaag in de Champions League tegen Como.
De beslissing roept vragen op over de relatie tussen het paar, vooral omdat Carrick onder toenemende druk staat na de teleurstellende reeks resultaten van United.
De hoofdcoach van United heeft echter nu duidelijk gemaakt dat Fernandes een belangrijk onderdeel van zijn plannen blijft en de aanvoerdersband zal blijven dragen.
Het paar ontmoette elkaar op dinsdag op het trainingscomplex van Manchester United in Carrington, met hun gesprekken bedoeld om eventuele openstaande kwesties op te lossen en de club in staat te stellen zich te concentreren op het verbeteren van de prestaties.
Voorafgaand aan de Premier League ontmoeting van zaterdag met Chelsea, wees Carrick suggesties van de hand dat er een beslissing moest worden genomen over de aanvoerdersband van Fernandes.
"Er hoeft daar geen beslissing over genomen te worden," zei hij.
"Luister, we zijn duidelijk over de situatie van het team, en als voetbalclub, op dit moment.
"Hij is een belangrijke speler voor deze groep. Dat is hij geweest en dat zal hij zijn.
"Tussen ons moeten we een verschil maken en we moeten dingen in een goede richting duwen.
"Hij is volledig toegewijd aan deze voetbalclub, hij is volledig toegewijd aan het verbeteren van de situatie. Er zijn absoluut geen problemen daarmee."
De afwezigheid van Fernandes tegen Bournemouth trok aanzienlijke aandacht, vooral nadat hij kritisch was geweest over de tactische aanpak van het team na de nederlaag in Italië.
De middenvelder had de terughoudendheid van United om hun tegenstanders agressiever onder druk te zetten in twijfel getrokken, en gesuggereerd dat het coachingsteam hun strategie moest heroverwegen.
Carrick volhield dat zijn beslissing om de aanvoerder buiten de selectie te laten gebaseerd was op voetbaloverwegingen en niet op enige disciplinaire actie.
Hij heeft die positie gehandhaafd terwijl hij duidelijk maakte dat de onenigheid geen invloed zal hebben op de verantwoordelijkheden van Fernandes op langere termijn binnen de selectie.
"Het verandert voor mij niet. Het was een beslissing op basis van wat we voelden voor de wedstrijd tegen Bournemouth. Dat is het," voegde Carrick eraan toe.
"Hij is degene die het team al zo lang zo goed heeft geleid, en hij zal dat blijven doen. Er zijn absoluut geen problemen daarmee."
De bevestiging komt op een belangrijk moment voor United, waarbij Carrick het vertrouwen moet herstellen en een manier moet vinden om de resultaten te verbeteren.
Hun nederlaag tegen Bournemouth verlengde een alarmerende reeks zonder overwinning, wat de aandacht op de hoofdcoach en de beslissing van de club om hem aan het roer te houden vergrootte.
United zal nu naar Stamford Bridge reizen, wetende dat een andere teleurstellende prestatie de druk zou intensiveren.
De terugkeer van Fernandes in de basiself blijft een aparte selectie beslissing, hoewel zijn voortdurende betrokkenheid significant zal zijn terwijl Carrick probeert meer stabiliteit in het team te brengen.
De opmerkingen van de manager verwijderen echter een bron van onzekerheid, met de Portugese international die de aanvoerdersband behoudt en de steun van zijn hoofdcoach.
Voor Carrick is de onmiddellijke prioriteit ervoor te zorgen dat de gesprekken zich vertalen in verbeterde prestaties, in plaats van de onenigheid een andere afleiding te laten worden tijdens een steeds moeilijker seizoen.