Boro had agreed an initial £7m fee, rising to £20m with add-ons, for the 21-year-old, and the defender had already travelled to Rockliffe Park last week to complete the switch before the issues emerged.
Talks between the two clubs remain ongoing, with Middlesbrough now exploring the possibility of restructuring the deal as an initial loan rather than a straight permanent transfer.
Phillips came through the academy at Blackburn Rovers, making 14 appearances there before Tottenham triggered his £2m release clause in 2023 when he was 18. Despite entering his fourth season as a Spurs player, he has yet to make a first-team appearance for the club, spending time on loan at Plymouth before two seasons at Stoke City.
Should Middlesbrough complete the move, it would extend a busy summer for Kim Hellberg's side, who have already brought in Jeremy Sarmiento, Will Lankshear, Radek Vitek, Sebastian Berhalter and Kyle Joseph, funded in part by a significant sell-on fee from Morgan Rogers' £116m move to Chelsea from Aston Villa.
Boro opende hun seizoen met een 1-0 overwinning op Wrexham in de eerste ronde van de Carabao Cup op vrijdag.
Tottenham's andere belangrijke transferverhaal draait om middenvelder Lucas Bergvall, die nog steeds belangstelling trekt van Newcastle United, ondanks dat de club uit Noord-Londen een eerdere bieding van de Magpies heeft afgewezen.
Volgens Fabrizio Romano heeft Newcastle hun zoektocht naar de Zweedse international niet afgekoeld, zelfs niet na een wisseling van manager op St James' Park, waarbij de vertrek van Eddie Howe de weg vrijmaakt voor Matthias Jaissle.
Newcastle United zou een mondeling aanbod van ongeveer £45m hebben afgewezen, waarbij Tottenham naar verluidt vasthoudt aan een bedrag dichter bij £50m-£60m, gezien de aankomsten van Sandro Tonali en Mateus Fernandes in het middenveld van Spurs de weg voor Bergvall naar regulier voetbal minder duidelijk hebben gemaakt.
Nottingham Forest zou ook interesse hebben gehad in de 20-jarige, hoewel hun focus naar verluidt is verschoven naar AC Milan's Tijjani Reijnders, wat mogelijk de weg vrijmaakt voor Newcastle om door te gaan met een nieuwe benadering.