Musiala heeft niet gespeeld voor Bayern sinds hij vorige maand op het veld in elkaar zakte tijdens opeenvolgende oefenwedstrijden tegen RB Leipzig en Heidenheim.
De 23-jarige bevestigde later op Instagram dat hij was gediagnosticeerd met afwezigheidsaanvallen veroorzaakt door een neurologische disfunctie, en voegde eraan toe dat er geen extra gezondheidsrisico was en dat hij van plan was om te blijven spelen zoals voorheen.
Bayern München heeft gezegd dat de episodes werden veroorzaakt door een wijziging in de medicatie die hij voor de aandoening had ingenomen, waarvan de club sinds vorig seizoen op de hoogte is.
Sprekend tegen ARD op dinsdagavond, legde Eberl de aanpak van de club uit om de middenvelder weer in de wedstrijdselectie te krijgen.
"Met Jamal is de situatie dat we na de laatste twee incidenten proberen een periode zonder aanvallen op te bouwen," zei Eberl.
"Ik geloof dat het helemaal kan verdwijnen -- dat is de grote hoop -- maar dat is moeilijk. Eerst deze aanvalsvrije periode, en zodra die er is, kan hij weer met ons het veld op."
Bayern speelt zaterdag uit tegen Schalke in hun tweede Bundesliga-wedstrijd van het seizoen, en hoofdcoach Vincent Kompany was voorzichtig toen hem werd gevraagd of Musiala mogelijk betrokken zou zijn.
"Misschien. Maar ik wil de jongen niet onder druk zetten," zei Kompany op Sky. "Hij doet het goed, hij doet het beter. Als het zo doorgaat, zal het niet lang meer duren."
Kompany bevestigde dat Musiala fit is en weer volledig traint met de selectie.
Elders sprak Eberl ook over de lopende contractonderhandelingen met Harry Kane, die twee keer scoorde in Bayern's DFB-Pokal overwinning op VfL Osnabrück om zijn productieve record voor het doel voort te zetten.
De huidige deal van de 32-jarige loopt aan het einde van het seizoen af, waarbij de lengte van een eventuele verlenging het belangrijkste knelpunt blijkt te zijn -- Bayern wil hem tot 2029 vastleggen, terwijl Kane naar verluidt de voorkeur geeft aan een deal tot 2030.
"Het is relatief om het een formaliteit te noemen," zei Eberl. "De gesprekken moeten plaatsvinden, net zoals de wedstrijden gespeeld moeten worden, dat is duidelijk. Wat gezegd kan worden is dat beide partijen het willen, en dan zou het moeten lukken. Of het gemakkelijk zal zijn, weet ik niet, maar we blijven optimistisch."