Emam Ashour ha portato l'Egitto in vantaggio all'inizio da un calcio piazzato riciclato, con gli africani che sono stati la squadra migliore per tutto il primo tempo.
Mohamed Salah, Omar Marmoush e Ashour hanno trovato spazio dietro la difesa a cinque dell'Australia mentre l'Egitto spingeva in avanti con il proprio attacco.
L'Australia è cresciuta nella partita man mano che il tempo passava, pressando più in alto e affermandosi di più con il progredire del gioco.
Il loro pareggio è arrivato quando Mohamed Hany ha trasformato un calcio di punizione nella propria rete, con Aiden O'Neill che ha fornito il cross.
Il portiere dell'Egitto Ramy Rabia è stato negato da una parata straordinaria di Patrick Beach in pieno recupero al 94° minuto, portando la partita ai tempi supplementari.
Salah è diventato sempre più influente man mano che i tempi supplementari avanzavano, ma non è riuscito a forzare una svolta, lasciando il pareggio da risolvere ai rigori.
L'Egitto aveva perso i suoi precedenti quattro rigori ai Mondiali, e i loro nervi sono stati messi ulteriormente alla prova quando il manager dell'Australia Tony Popovic ha sostituito Beach con Mathew Ryan per il tiro dagli undici metri.
Ryan non è riuscito a parare un solo rigore egiziano, con Salah che ha segnato il suo tiro al centro.
Harry Souttar e Lucas Herrington hanno entrambi sbagliato per l'Australia, portando l'Egitto a vincere 4-2 ai rigori e a un incontro negli ottavi di finale contro Argentina o Capo Verde.
Salah, che si era ripreso da un infortunio al tendine durante la preparazione, ha riflettuto sull'importanza del traguardo successivamente.
"Oggi è stato uno dei giorni migliori della mia vita, facendo la storia con il mio paese. Ho cercato di dare il massimo e giocare anche quando sono infortunato perché questo è ciò che faccio per il paese.
"Sono orgoglioso dei ragazzi... Dico sempre ai ragazzi, godetevi il momento. Non possiamo darlo per scontato. Non so quante volte ci siamo qualificati per i Mondiali e mai prima d'ora ci siamo qualificati dalla fase a gironi e ora ci siamo qualificati per il turno successivo. È un momento da godere."
Il centrocampista egiziano Haissem Hassan ha descritto la prova fisica che l'Australia ha rappresentato per tutto il match.
"Siamo partiti bene, prendendo il vantaggio, e poi loro hanno pareggiato. Sapevamo che sarebbe stata una partita difficile perché sono una squadra molto fisica, con molta resistenza, e giocatori molto veloci e potenti. Sapevamo che sui calci piazzati e sugli angoli sarebbe stato difficile perché sono molto alti."
"Onestamente, è incredibile, perché sai che in Egitto ci sono 120 milioni di persone che hai reso felici oggi, e sai che oggi ci saranno celebrazioni in tutto il paese... Per ogni giocatore, quando sei un ragazzo, sogni di finire così."
Per l'Australia, c'era orgoglio nonostante l'uscita.
Awer Mabil ha detto: "Ovviamente dovremmo essere molto orgogliosi di ciò che abbiamo fatto come nazione in questo torneo. Penso che sia stato un grande torneo per noi come paese, e poi anche per mostrare il nostro giovane talento, penso anche che sia stata una grande piattaforma per i giovani per farsi avanti -- e lo hanno fatto. Quindi penso che ci sia molto da portare via da questo."
Il percorso dell'Australia si conclude agli ottavi di finale, ma i commenti di Mabil indicano un senso di progresso più ampio per una squadra costruita attorno ai talenti emergenti.
L'Egitto, al contrario, avanza per affrontare il calcio ad eliminazione diretta che pochi si aspettavano raggiungessero, con Salah che insiste sul fatto che il traguardo dovrebbe essere gustato piuttosto che dato per scontato.