La squadra di Thomas Tuchel era lontana dalla sua migliore forma mentre superava il DR Congo, avendo bisogno di due gol nel finale del capitano Harry Kane per progredire agli ottavi di finale.
Rooney non ha risparmiato la sua valutazione della prestazione dopo il fischio finale.
"Per me ci sono grandi preoccupazioni. Siamo tutti felici che l'Inghilterra sia andata avanti, ma in particolare quando l'Inghilterra perde palla è così aperta," ha detto Rooney alla BBC. "Contro una squadra migliore penso che saremo in grossi guai se non risolviamo questo problema.
"La connessione non è ottima tra la difesa e il centrocampo, i terzini stanno faticando, Madueke ha avuto difficoltà. Non ci sono connessioni e ci sono grandi spazi nel mezzo del campo e questo è una grande preoccupazione per me.
"Deve davvero guardare a questo, altrimenti usciremo."
L'Inghilterra ha battuto il DR Congo mercoledì ma ha faticato per gran parte della partita e ora affronterà il Messico a Città del Messico lunedì mattina.
Rooney ha anche suggerito che l'Inghilterra avrebbe dovuto chiamare l'esperienza di Kyle Walker dopo un infortunio a Tino Livramento.
"L'abbiamo visto prima dove i giocatori sono tornati dalla pensione... Penso che nel momento in cui Tino Livramento si è infortunato, avrebbero dovuto subito telefonare a Kyle Walker," ha detto Rooney.
"Kyle è ancora più che all'altezza e più che capace di giocare in questa squadra dell'Inghilterra. Io sarei stato al telefono con lui dicendo: 'Ascolta, abbiamo bisogno di te qui, quindi puoi venire ad aiutarci', perché questo potrebbe costarci davvero. Sono preoccupato per questo."
Rooney è stato anche critico nei confronti della prestazione di Djed Spence come terzino destro.
Nonostante le sue preoccupazioni, Rooney ha riservato un elogio speciale per Kane, il matchwinner, che ha ora segnato 13 gol in Coppa del Mondo.
"Il suo colpo di testa è stato brillante, ma il secondo gol è stato incredibile ed è davvero un giocatore di alto livello," ha detto Rooney. "Tutti i migliori giocatori del mondo stanno performando in questa Coppa del Mondo, lui è la superstar dell'Inghilterra, è l'eroe per noi.
"Ci sono poche cose che devono chiarire: non ero troppo sicuro riguardo al centrocampo e alla difesa in quella prestazione, ma la cosa principale nel calcio è che si passa e Harry Kane lo ha fatto di nuovo per noi."