Fernandes è stato preso di mira da un'ondata di abusi sui social media dopo l'eliminazione del Portogallo ai Mondiali, con il capitano del Manchester United che ha disattivato le risposte al suo primo post dopo la sconfitta per 1-0 agli ottavi di finale contro la Spagna.
L'uscita del Portogallo, sigillata da un gol di Mikel Merino nel tempo di recupero ad Arlington, ha segnato la fine della carriera internazionale di Cristiano Ronaldo e ha lasciato Fernandes tra diversi giocatori esperti che affrontano intense critiche da parte dei tifosi online.
"Triste, frustrato e disilluso," ha scritto Fernandes sui social media. "Questo gruppo di giocatori ha alzato le mie aspettative, non solo per la qualità, ma anche per il fatto dell'incredibile gruppo che abbiamo costruito in questi anni.
"Grazie a tutti i giocatori, allo staff tecnico e a tutto il personale che ci ha accompagnato e aiutato ogni giorno durante i Mondiali. A tutti i portoghesi, un enorme grazie per il vostro supporto e la vostra fiducia."
Il 31enne, insieme ai compagni di squadra Vitinha, Joao Neves e Pedro Neto, era già stato accusato di "sabotare" il canto del cigno di Ronaldo dopo un deludente pareggio per 1-1 con la Repubblica Democratica del Congo nella fase a gironi, con le critiche che si sono intensificate dopo l'uscita contro la Spagna.
La tensione attorno a Fernandes era già in ebollizione sin dalla partita di apertura del torneo, quando la sorella di Ronaldo, Katia Aveiro, ha messo "mi piace" a un post su Instagram che accusava il capitano del Manchester United di non aver reso in maglia portoghese, paragonandolo sfavorevolmente all'attaccante brasiliano Raphinha, sotto accusa.
Aveiro aveva anche pubblicato la sua critica alle prestazioni della squadra dopo il pareggio con la Repubblica Democratica del Congo, scrivendo: "Magicamente, hanno dimenticato come: passare la palla; riconquistarla; lanciare contropiedi. La partita è diventata tutta una questione di passaggi all'indietro a centrocampo... strano Mondiale. Molto strano."
I suoi post sono stati ampiamente interpretati come un alimentare le voci di una frattura all'interno del gruppo del Portogallo durante il torneo.
Fernandes è arrivato ai Mondiali dopo una stagione di Premier League in cui è diventato il primo giocatore nella storia della competizione a registrare più di 20 assist, ed è da tempo uno dei giocatori più importanti del Portogallo, con 94 presenze e 29 gol internazionali.
L'allenatore Roberto Martinez ha resistito alla pressione di escludere Ronaldo per tutto il torneo, ma le critiche rivolte a Fernandes e ai suoi compagni di centrocampo riflettevano una frustrazione più ampia tra i tifosi nei confronti di una squadra che era entrata ai Mondiali tra le favorite ma non è riuscita a ottenere il meglio dal suo capitano nella sua ultima apparizione sul palcoscenico più grande del calcio.