L'attaccante è stato costretto a uscire nel primo tempo del pareggio 2-2 in Nations League di giovedì sera ad Amsterdam dopo aver subito un contrasto da Quinten Timber.
L'allenatore della Germania Jürgen Klopp ha dichiarato dopo la partita che Havertz è improbabile che giochi di nuovo durante l'attuale pausa internazionale.
Probabilmente fuori per noi, ma speriamo che poi sia relativamente rapidamente di nuovo disponibile," ha detto Klopp.
La Federazione calcistica tedesca ha descritto il problema di Havertz come uno stiramento muscolare, con il 27enne che ora lascia il ritiro della nazionale per tornare al suo club.
Ulteriori test determineranno l'entità dell'infortunio, con l'Arsenal che spera che Havertz abbia evitato un'assenza significativa.
Il tempismo dà all'attaccante un po' di tempo per recuperare, con l'Arsenal che non giocherà di nuovo fino a quando non ospiterà il Leeds all'Emirates Stadium il 10 ottobre.
Havertz aveva avuto un forte inizio di stagione dopo aver superato i problemi di infortunio che lo avevano limitato nella scorsa stagione. Ha segnato nella vittoria dell'Arsenal nella Community Shield contro il Manchester City e aveva iniziato tutte e cinque le loro partite di Premier League.
Ha già eguagliato il suo totale di gol in campionato dell'intera scorsa stagione, segnando due volte nelle prime settimane della campagna.
L'Arsenal attenderà ora i risultati delle ulteriori esami prima di determinare per quanto tempo Havertz potrebbe essere indisponibile.
I precedenti problemi di hamstring dell'attaccante includevano un infortunio subito durante un ritiro di metà stagione a Dubai che lo ha tenuto fuori per una parte significativa della campagna 2024/25.