Il Villarreal ha confermato la nomina sul proprio sito ufficiale, con Pérez -- che ha compiuto 38 anni a gennaio -- che ha firmato un contratto triennale per sostituire Marcelino García Toral, che ha scelto di non rinnovare il suo contratto dopo aver guidato il club al terzo posto in La Liga e alla qualificazione per la Champions League.
Pérez assume il ruolo di allenatore per la seconda volta nella sua carriera, avendo iniziato il ruolo al Rayo Vallecano nel febbraio 2024 quando ha succeduto a Francisco Rodríguez a metà stagione.
In precedenza era stato assistente di Andoni Iraola a Vallecas, ed era originariamente destinato a seguire Iraola al Bournemouth prima che un problema di permesso di lavoro impedisse il trasferimento. Questa circostanza lo ha lasciato in Spagna -- e alla fine a capo di una delle storie più straordinarie del recente calcio spagnolo.
Ha guidato il Rayo all'ottavo posto in due stagioni consecutive di La Liga, i migliori piazzamenti consecutivi nella recente storia del club, mentre ha anche portato la squadra di Madrid alla finale della Conference League a Lipsia -- dove hanno perso 1-0 contro il Crystal Palace. Nessun allenatore del Rayo nella storia centenaria del club aveva guidato la squadra a una finale europea.
L'ambizione del Villarreal è andare oltre. Ritornano in Champions League per la prima volta dalla stagione 2021-22, quando eliminarono famosamente la Juventus, il Bayern Monaco e di nuovo la Juventus prima di perdere contro il Liverpool in semifinale. A Pérez sarà affidato il compito di eguagliare e costruire sul terzo posto di Marcelino mentre il club si prepara per la competizione europea d'élite.
La sua nomina segue il percorso tracciato da Iraola prima di lui -- un allenatore del Rayo che sale a un ruolo più prominente in La Liga come ricompensa per un lavoro che ha costantemente superato le aspettative.