L'ex attaccante dell'Everton aveva pareggiato le sue prime due partite, guadagnando prima un punto a Coleraine prima che la sua squadra fosse bloccata dai Carrick Rangers. Il suo tanto atteso debutto casalingo sembrava dirigersi verso un altro risultato frustrante dopo che il Bangor aveva pareggiato nel finale.
Jordan Stewart aveva dato il vantaggio al Glentoran, celebrando il suo recente prolungamento del contratto con il gol di apertura. Ma Ben Cushnie ha riportato il Bangor in parità all'83esimo minuto, preparando un finale teso.
Weatherup ha fornito il momento decisivo con tre minuti rimanenti, correndo su un lungo pallone prima di segnare tra le gambe del portiere Patrick Solis Grogan.
Ferguson era felice di ottenere finalmente i suoi primi tre punti davanti ai tifosi di casa.
"Sono felice di ottenere i miei primi tre punti in casa, sono assolutamente entusiasta," ha detto.
"I ragazzi hanno continuato a lottare fino alla fine."
La prima partita programmata dell'allenatore, contro il Ballymena United il 24 ottobre, era stata rinviata a causa della tempesta Boelo e di un campo allagato. Il suo debutto è avvenuto in trasferta a Coleraine, dove Stewart ha segnato un gol del pareggio nel finale per assicurare un 1-1.
È seguita una partita senza gol contro i Carrick Rangers, lasciando Ferguson ancora in attesa di una vittoria prima dell'incontro di venerdì con il Bangor.
Il gol di Stewart aveva messo il Glentoran in una posizione promettente, ma Ferguson non era soddisfatto di come la sua squadra ha risposto mentre gli ospiti spingevano in avanti dopo l'intervallo.
L'allenatore ha sentito che la sua squadra aveva permesso al Bangor di rientrare in partita abbassandosi troppo, con l'ex giocatore del Glentoran Cushnie che ha approfittato per pareggiare il punteggio.
Weatherup, introdotto dalla panchina al posto di Pat Hoban, ha poi fornito il gol di cui la squadra di Ferguson aveva bisogno. Il gol del diciottenne è stato particolarmente soddisfacente per il suo allenatore, che ha lodato il carattere mostrato dai suoi giocatori dopo il pareggio.
"Abbiamo mostrato buon carattere. Abbiamo mostrato un po' di resilienza," ha detto Ferguson.
"Ci hanno messo sotto pressione nel secondo tempo, ma succederà. Non dominerai una partita per tutta la partita a nessun livello.
"Ero felice che i ragazzi mostrassero carattere e resilienza per rientrare in partita."
Il risultato dà a Ferguson la sua prima vittoria nell'Irlanda del Nord dopo un difficile inizio nella Premiership irlandese, anche se sa che c'è ancora molto lavoro da fare.
Il Glentoran rimane a una certa distanza dalle squadre di testa, con Linfield e Coleraine che hanno entrambe vinto venerdì. Anche il Larne ha raccolto tre punti, lasciando la squadra di Ferguson con del terreno da recuperare se vogliono sfidare verso la parte alta della classifica.
È stato incoraggiato dal lavoro difensivo nelle sue partite di apertura, ma vuole vedere di più dai suoi giocatori in possesso e nella terza finale.
"Penso che dobbiamo migliorare complessivamente," ha detto.
"Non stiamo concedendo molti gol, ma dobbiamo semplicemente creare di più.
"Questa è la parte più difficile del gioco, ma sembriamo solidi e questo è l'aspetto principale.
"Sono felice del gruppo e la lega è molto equilibrata, dall'alto in basso."
Ferguson non guarda troppo avanti mentre si sistema nel suo nuovo lavoro, preferendo concentrarsi sulla costruzione di slancio una partita alla volta.
"Dobbiamo solo continuare. Penso che siano sette o otto partite senza sconfitte ora," ha aggiunto.
"Dobbiamo continuare e continuare a vincere. Siamo un grande club e i tifosi vogliono che continuiamo a vincere, e sono felice che oggi abbiamo ottenuto i tre punti per loro."
La vittoria dà a Ferguson l'inizio casalingo che aspettava e una base su cui costruire mentre il Glentoran cerca di ridurre il divario con le squadre sopra di loro.