Il 31enne era assente mentre l'Everton accoglieva il Newcastle allo Hill Dickinson Stadium per il quarto turno di giovedì, con il club che ha confermato che la sua omissione era disciplinare piuttosto che legata a infortuni.
La squadra di David Moyes è avanzata ai quarti di finale con una vittoria per 3-1, ma le circostanze che circondano l'assenza di Grealish hanno sollevato domande sul suo futuro immediato al club.
L'Everton ha annunciato la decisione attraverso le notizie ufficiali della squadra prima del fischio d'inizio.
"Jarrad Branthwaite rimane ai margini per la seconda partita consecutiva a causa dei protocolli di commozione cerebrale, mentre Jack Grealish non è disponibile per la selezione a causa di una violazione della disciplina del Club," ha dichiarato il club.
Secondo i rapporti, Grealish non si è presentato all'allenamento lunedì senza autorizzazione.
L'internazionale inglese aveva saltato la precedente partita di Premier League dell'Everton contro l'Arsenal a causa di malattia, con i Toffees che hanno perso 2-0 all'Emirates Stadium.
È successivamente tornato ad allenarsi presso il complesso Finch Farm del club, ma la sua assenza non autorizzata ha portato a un'azione disciplinare e alla prospettiva di una sanzione finanziaria.
L'incidente è particolarmente sfortunato per Grealish data l'importanza che Moyes ha attribuito alla sua esperienza e leadership da quando lo ha riportato a Merseyside.
L'esterno ha goduto di un periodo di prestito produttivo all'Everton la scorsa stagione, registrando due gol e sei assist in 20 presenze prima che un infortunio al piede portasse la sua campagna a una conclusione anticipata.
Il Manchester City ha successivamente concordato un altro prestito di una stagione, offrendo a Grealish l'opportunità di ricostruire la sua forma fisica e ritrovare il livello che lo ha reso uno dei giocatori d'attacco più influenti del calcio inglese.
Moyes ha ripetutamente sottolineato che si aspetta più di semplici prestazioni individuali dal ex centrocampista dell'Aston Villa.
Parlando all'inizio della stagione, il manager dell'Everton ha spiegato che Grealish aveva la responsabilità di diventare una figura senior all'interno di una squadra in sviluppo.
"Penso che Jack sappia cosa mi aspetto ora. Abbiamo avuto molte conversazioni lo scorso anno. Sa che quando viene qui ha l'opportunità di giocare e di mostrare cosa può fare.
"Ma voglio anche che sia un professionista senior e un modello da seguire. Abbiamo Tyrique e Tyler e se mai stai guardando qualcuno su come giocare come esterno, Jack Grealish sarebbe sicuramente uno di loro.
"Penso che entrambi potrebbero imparare moltissimo da Jack e voglio che diventi quel cittadino senior tra di loro, qualcuno che li insegna."
Moyes si riferiva ai giovani attaccanti Tyrique George e Tyler Dibling, con il manager desideroso che Grealish usasse la sua esperienza per aiutare il loro sviluppo.
Crede anche che l'esterno abbia la personalità per gestire le aspettative che derivano dall'essere uno dei giocatori più riconoscibili dell'Everton.
"Se c'è una persona che sarebbe in grado di sopportare quella [pressione] sarebbe Jack, proprio per il modo in cui è. Troverà facile portare le aspettative e sarà felice di farlo. Questo è il suo carattere," ha detto Moyes.
Il manager ha anche riconosciuto che i tifosi si aspettavano che Grealish ritrovasse il suo miglior calcio durante la sua seconda stagione al club.
"Penso che sia il caso [che ci siano più aspettative nella seconda stagione] perché tutti vogliono che Jack torni a dove era. I suoi primi tre mesi con noi la scorsa stagione sono stati enormemente importanti per ottenere vittorie, quindi ora si tratta di farlo tornare a esibirsi a quel livello."
Moyes ha precedentemente evidenziato le difficoltà fisiche che Grealish ha affrontato dopo la sua lunga assenza, spiegando che il giocatore era stato fuori per sei mesi e mezzo e non aveva goduto di una preparazione completa.
Ha anche suggerito che partite regolari sarebbero particolarmente importanti per aiutare l'esterno a ritrovare la sua brillantezza.
Grealish aveva fatto sei presenze per l'Everton in questa stagione prima della partita contro il Newcastle, dopo essere tornato in squadra dopo la sua assenza contro l'Arsenal.
L'incidente disciplinare ora fornisce una complicazione indesiderata per un giocatore che ha bisogno di un calcio costante per ricostruire la sua fiducia e forma fisica.
Per Moyes, tuttavia, il messaggio è chiaro: l'esperienza e la reputazione di Grealish portano responsabilità, e la sua posizione all'interno della squadra dipende dal soddisfare gli standard attesi da un professionista senior.