Lindelöf ha lasciato il Västerås SK per il Benfica nell'estate del 2012, poco prima di compiere 18 anni, e ha iniziato nella squadra B del club prima di esordire in prima squadra nella sua seconda stagione lì.
Solo nella sua terza stagione ha guadagnato un'opportunità regolare e l'ha fatta sua, arrivando a collezionare 73 presenze competitive prima che il Manchester United lo firmasse nell'estate del 2017.
Il direttore dell'accademia del Benfica, Bruno Maruta, ha detto O Jogo che le difficoltà iniziali dello svedese hanno reso la sua eventuale affermazione una delle storie di successo più sorprendenti uscite dal sistema giovanile del club: "È arrivato qui ancora da junior, con abilità, principalmente fisiche.
"Ha avuto difficoltà ad adattarsi e si è spostato tra diverse posizioni. È stato un processo in cui le nostre aspettative su di lui erano basse."
Maruta ha detto che il club ha trattato Lindelöf come qualsiasi altro prospetto, e che è stata la sua attitudine a distinguerlo.
"Non gli abbiamo dato nulla di più rispetto alle condizioni che abbiamo offerto agli altri. Grazie alla sua attitudine e etica del lavoro, ha guadagnato la sua opportunità. Era uno dei primi ad arrivare agli allenamenti e uno degli ultimi a lasciarli. Ha mostrato uno sviluppo enorme, spinto più da quell'attitudine che dal puro talento."
Lindelöf ha collezionato 284 presenze competitive con il Manchester United, segnando quattro gol e fornendo sette assist, prima di lasciare come svincolato per l'Aston Villa nell'estate del 2025 dopo otto anni a Old Trafford. Ora 32enne, ha fatto 35 presenze per il Villa e ha segnato tre gol in 80 presenze con la Svezia.