Le défenseur de 26 ans a participé à la victoire 2-1 des Pays-Bas en Ligue des Nations contre la Serbie dimanche, mais ne peut désormais plus continuer avec l'équipe nationale.
La fédération néerlandaise a confirmé mercredi que Van Hecke avait quitté le groupe et retournerait dans son club pour traitement.
Van Hecke avait commencé les deux matchs des Pays-Bas en Ligue des Nations pendant la fenêtre internationale, jouant les 90 minutes complètes contre l'Allemagne avant de également compléter la victoire en Serbie.
La blessure arrive donc à un moment inopportun pour Tottenham, qui a signé le défenseur central de Brighton durant l'été.
Van Hecke avait été l'un des premiers ajouts majeurs du mandat de Roberto De Zerbi dans le nord de Londres, ayant précédemment travaillé avec l'entraîneur de Tottenham à Brighton.
Tottenham a annoncé la signature en juin, le directeur sportif Johan Lange décrivant Van Hecke comme un défenseur que le club suivait depuis plusieurs années.
Le défenseur central s'était établi à Brighton avant de faire le transfert vers les Spurs et était également devenu un membre régulier de l'équipe des Pays-Bas.
Son retrait signifie que Tottenham va maintenant évaluer l'étendue de la blessure avant de déterminer quand il pourra revenir à l'action en club.
La fédération néerlandaise n'a pas indiqué qu'un remplaçant serait appelé dans le groupe.
Le départ de Van Hecke est également un revers pour les Pays-Bas, qui traversent leur première fenêtre internationale sous le nouvel entraîneur Xavi Hernández.
Il avait joué un rôle complet dans les premiers matchs de l'équipe, les aidant à obtenir un match nul 1-1 contre l'Allemagne avant de commencer la victoire contre la Serbie.
Les Pays-Bas ont sécurisé une victoire 2-1 à Belgrade grâce à deux buts de Mexx Meerdink, Van Hecke complétant le match en défense centrale.
Il est désormais retourné à Londres plutôt que de rester avec l'équipe nationale pour les prochains matchs.
Pour Tottenham, le timing sera surveillé de près. Van Hecke est rapidement devenu une partie des plans défensifs du club suite à son arrivée estivale, tandis que la pause internationale avait déjà imposé des exigences significatives sur l'effectif.
La priorité maintenant est de déterminer la gravité du problème et combien de temps le défenseur sera indisponible.
Les Pays-Bas n'ont pas encore confirmé si un autre joueur sera ajouté au groupe pour le remplacer.